Den estiske students’ association Vironia ble stiftet 29. September 1881, da landet var en del av det russiske Imperiet. Organisasjonen var dedikert til å bevare den kulturelle tradisjoner og språk i Estland, som ble undertrykt., På starten, Vironia vedtatt et flagg med horisontale striper i blått, svart og hvit farger sies å stå for himmelen (blå), jord (svart), og aspirasjon mot frihet for sitt hjemland (hvit). En dedikasjon seremoni for nye flagg fant sted i hemmelighet på 4 juni 1884, og det fløy igjen under den russiske Revolusjon 1905. Til slutt, på februar 24, 1918, Estland ble selvstendig under det blå-svart-hvitt flagg, som ble offisielt anerkjent i grunnloven av 4. juli 1920.,
Etter at Sovjetunionen absorbert Estland i 1940, den blå-svart-hvitt flagg ble forbudt, men de fleste Esterne likte den påfølgende ileggelse av Sovjetiske Rød Banner design. Dermed, med løsning av Sovjetiske kontroller på 1980-tallet, den estiske regjeringen har anerkjent den gamle blå-svart-hvitt farger 23. juni 1988. Flagget i seg selv var readopted på oktober 20 år, og det helt erstattet den Sovjetiske estiske flagget Mai 8, 1990. Minne av 1918-40 flagget hadde blitt holdt i live av Esterne i eksil i Sverige, Usa, og andre steder.