La Asociación de estudiantes estonios Vironia fue fundada el 29 de septiembre de 1881, cuando el país era parte del Imperio ruso. La organización se dedica a preservar las tradiciones culturales y el idioma de Estonia, que están siendo suprimidos., En su fundación, Vironia adoptó una bandera con rayas horizontales de azul, negro y blanco, colores que se dice que representan el cielo (azul), el suelo (negro) y la aspiración a la libertad para su patria (blanco). Una ceremonia de dedicación de la nueva bandera tuvo lugar en secreto el 4 de junio de 1884, y voló de nuevo durante la Revolución rusa de 1905. Finalmente, el 24 de febrero de 1918, Estonia se independizó bajo la bandera azul, negra y blanca, que fue reconocida oficialmente en la constitución del 4 de julio de 1920.,
después de que la Unión Soviética absorbiera Estonia en 1940, la bandera azul, negro y blanco fue proscrita, pero la mayoría de los estonios resentían la imposición posterior de diseños de banderas rojas soviéticas. Así, con el aflojamiento de los controles soviéticos en la década de 1980, el gobierno estonio reconoció los viejos colores azul-negro-blanco el 23 de junio de 1988. La bandera en sí fue readoptada el 20 de octubre de ese año, y reemplazó por completo la bandera soviética de Estonia el 8 de mayo de 1990. La memoria de la bandera de 1918-40 había sido mantenida viva por los estonios en el exilio en Suecia, los Estados Unidos y otros lugares.