den estniska studentorganisationen Vironia grundades den 29 September 1881, då landet var en del av det ryska riket. Organisationen ägnades åt att bevara Estlands kulturella traditioner och språk, som undertrycktes., Vid grundandet antog Vironia en flagga med horisontella ränder av blå, svart och vita färger som sägs stå för himlen (blå), jorden (svart) och strävan mot frihet för sitt hemland (vit). En invigningsceremoni för den nya flaggan ägde rum i hemlighet den 4 juni 1884, och den flög igen under den ryska revolutionen 1905. Slutligen, den 24 februari 1918, blev Estland självständigt under den blå-svartvita flaggan, som officiellt erkändes i konstitutionen den 4 juli 1920.,
Efter att Sovjetunionen absorberade Estland 1940, förbjöds den blå-svartvita flaggan, men de flesta esterna ogillade den efterföljande införandet av sovjetiska Röda Bannerdesigner. Med lossningen av sovjetiska kontroller på 1980-talet erkände den estniska regeringen de gamla blå-svartvita färgerna den 23 juni 1988. Flaggan själv återtogs den 20 oktober Det året, och det ersatte helt den sovjetiska estniska flaggan den 8 maj 1990. Minnet av 1918-40-flaggan hade hållits vid liv av Ester i exil i Sverige, USA och på andra håll.