Enhancer transkription: vad, var, när och varför?

  1. Nathaniel D. Tippens1,2,
  2. Anniina Vihervaara1 och
  3. John T. Lis1,2
  1. 1avdelningen för molekylärbiologi och genetik, Cornell University, Ithaca, New York 14853, USA;
  2. 2tri-institutionellt utbildningsprogram i beräkningsbiologi och medicin, Cornell University, Cornell University, Ithaca, New York 14853, usa
  1. motsvarande författare: johnlis{at}Cornell.,edu

Abstrakt

efter upptäckten av utbredd förstärkare transkription har förstärkare och promotorer visat sig vara mycket mer lika än tidigare trodde. I detta nummer av gener& utveckling, två studier (Henriques och kollegor och Mikhaylichenko och kollegor ) lyser nytt ljus på transkriptional natur promotorer och förstärkare i Drosophila., Tillsammans stöder dessa studier det senaste arbetet i däggdjursceller som indikerar att de flesta aktiva förstärkare Driver lokal transkription med hjälp av faktorer och mekanismer som liknar promotorer. Intriguingly visas enhancer transkription samordnas av SPT5-och P-TEFb–medierad pause-release, men paushalveringstiden är kortare och uppsägningen är snabbare hos förstärkare än hos promotorer., Dessutom är dubbelriktad transkription från initiativtagare associerad med förstärkare verksamhet, utlåning ytterligare trovärdighet till modeller där regleringselement finns längs ett spektrum av initiativtagare och förstärkare. Vi föreslår en allmän enhetlig modell för att förklara möjliga transkriptionsfunktioner hos enhancers.,

nyckelord

  • promotorer
  • eRNA
  • embryonal utveckling
  • förstärkare
  • P-TEFb
  • superenhancers
  • transkription
  • uppsägning

förstärkare är reglerande element som aktiverar promotorn transkription över stora avstånd och oberoende av orientering (Serfling et al. – herr talman! 1985). Medan både promotorer och förstärkare är kända för att binda transkriptionsfaktorer (TFs), ansågs endast promotorer initiera transkription med RNA polymeras II (Pol II)., Med tillkomsten av hög genomströmning sekvensering har molekylära egenskaper hos förstärkare och promotorer avslöjats i oöverträffad detalj: förstärkare producerar RNAs (eRNAs) in vivo (Kim et al. 2010) med en initiering och kromatin arkitektur anmärkningsvärt liknar den för promotorer (Core et al. 2014; Scruggs m.fl. 2015). Detta har kraftigt förnyat intresse för det förbisedda konstaterandet att däggdjurshöjande aktivitet kan förekomma tillsammans med promotoraktivitet (Serfling et al. 1985; Arnold et al. 2013; Dao m.fl. 2017)., I detta nummer av gener & utveckling, två rapporter ytterligare klargöra rollen av förstärkare transkription. Henriques et al. (2018) utför detaljerade genomövergripande analyser av paus och uppsägning vid oannoterade transkriptionsstationsplatser (TSSs) och visa en slående överlappning med förstärkare som tidigare identifierats av episomal STARR-seq (self-transcribing active regulatory region with sequencing) assay (Arnold et al. 2013). Mikhaylichenko et al. (2018) jämför transcriptional strength och directionality med enhancer och promotorverksamhet in vivo., Båda studierna är beroende av korta utjämnade rna-sekvenseringstekniker-Start-seq och PRO-cap (en precision nuclear run-on—sekvenseringsvariant) – som identifierar TSSs över genomet med hög känslighet.

Henriques et al. (2018) erbjuda en detaljerad karakterisering av enhancer transkription i Drosophila S2-celler genom att jämföra produktion av korta utjämnade rna till enhancer aktivitet. Utredarna fann att 49% av Startseq-identifierade tidigare oannoterade TSS överlappar med Starr-seq-kallade förstärkare. Dessutom 94.,2% av förstärkare som finns inom tillgänglig kromatin in vivo visar minst fem rna-läsningar, vilket överensstämmer med de flesta förstärkare som kör någon transkription. Nivån av korta utjämnade rna visade måttlig korrelation med episomal förstärkare aktivitet (ρ = 0.24), vilket tyder på en viss kvantitativ koppling mellan förstärkare transkription och aktivitet. Intressant rapporterar utredarna att de flesta förstärkare är avvikande eller konvergent transkriberade eller båda.

liknande resultat erhölls av Mikhaylichenko et al., (2018), som undersökte var och när enhancer transkription och förstärkare aktivitet förekommer i Drosophila embryon. Genom att generera hela embryo Pro-cap och CAGE (cap-analys av genuttryck) data vid matchade tidpunkter jämför undersökarna transkription med transgen reporteraktivitet vid tusentals tidigare karaktäriserade utvecklingsförstärkare. Resultaten validera konceptet att enhancer transkription sammanfaller i allmänhet med dess funktionella aktivitet och att aktiva förstärkare kan ha en rad transkription nivåer och riktnings., Oförmågan att upptäcka eRNA-produktion från varje funktionell förstärkare lämnar möjligheten för otranskriberade men aktiva förstärkare in vivo eller kan helt enkelt återspegla den reducerade känsligheten hos hela embryoanalyser. Begreppet olika förstärkare mekanismer stöds av olika förändringar i transkription och kromatin detekteras vid inducerad TF-bindning (Vihervaara et al. 2017).

för att kvantifiera transkriptionell styrka och riktning från reglerande element, Mikhaylichenko et al., (2018) utvecklat en elegant transgen analys med dubbla vektorer som samtidigt bedömer elementets förmåga att fungera som en förstärkare och en promotor in vivo. I en begränsad uppsättning representativa element fungerade de flesta förstärkare med dubbelriktad transkription som svaga promotorer i båda riktningarna. Denna promotoraktivitet inträffade huvudsakligen i samma vävnad eller delmängd av celler som elementens endogena förstärkaraktivitet, vilket indikerar att förstärkare och promotorer är beroende av samma regulatoriska komponenter., Dessutom har promotorer med dubbelriktad transkription hyst viss förstärkaraktivitet, som verkar fungera som en förstärkare och promotor för samma gen, liknande de senaste resultaten i mänskliga celler (Dao et al. 2017). Däremot visade majoriteten av promotorer med enkelriktad transkription inte förstärkaraktivitet, och den endogena transkriptionsriktningen korrelerade med orienteringen där elementet fungerade som en promotor., Tillsammans överensstämmer dessa resultat med uppströms promotorsekvenser och deras uppströms antisense TSSs beter sig på samma sätt som distala förstärkare (Serfling et al. 1985; Arnold et al. 2013; Scruggs m.fl. 2015; Dao et al. 2017).

den enhetliga kromatinarkitekturen och transkriptionen hos promotorer och förstärkare föreslår delade regleringsmekanismer (Core et al. 2014). Till exempel är ett av de viktigaste hastighetsbegränsande stegen hos de flesta initiativtagare pause-release, reglerad av SPT5 och P–TEFb. Henriques et al. (2018) visar att samma faktorer reglerar pausa hos förstärkare., Viktigt är att studien ger eleganta tidskursdata som uppskattar pausa halveringstiden i genomet och visar mindre stabil paus vid förstärkare än promotorer. Vidare, sekvensering oligo-adenylerade intermediärer från exosom-bristfälliga celler avslöjade för tidig uppsägning hos förstärkare, vilket tyder på att förstärkaraktivitet kan förlita sig på lokal återvinning av terminerad Pol II. slutligen rapporterar utredarna att i mus ESCs,” superenhancers ” och många promotorer innehåller stora kluster av TSSs, vilket indikerar liknande regleringsmekanismer på dessa loci., Intriguingly, sådana platser har extremt snabb paus-release, kanske drivs av höga lokala koncentrationer av P-TEFb, och därmed verkar resistenta mot förlust av pausa faktorer. Sammantaget, Henriques et al. (2018) bekräfta och utöka vår mekanistiska förståelse för initiering, pausa och uppsägning och klargöra mönster av histon modifiering och lineage-definiera TFs på enhancers.

djupgående utmaningar på området återstår att lösa för att ytterligare klargöra förstärkningsmekanismerna., En stor utmaning är att noggrant tilldela funktionella förstärkare-promotoranslutningar och kvantifiera förstärkare styrka med avseende på varje målgen i dess endogena sammanhang. Alltför ofta måste vi förlita oss på ”närmaste genuppskattning”, vilket är otillräckligt in vivo(Fulco et al. 2016). En annan utmaning är att identifiera förstärkare genomet-wide. Henriques et al. (2018) visar övertygande att h3k4me1 / H3K4me3-förhållandet inte identifierar starkt transkriberade förstärkare, i överensstämmelse med rapporter i däggdjursceller (Core et al. 2014; Dao et al. 2017)., Dessa resultat tyder på att förstärkare är svåra att skilja från initiativtagare genom histone modifiering mönster ensam och markera nyttan av att använda instabil dubbelriktad transkription för enhancer identifiering. De funktioner och mekanismer som specificerar snabb Pol II-uppsägning och eRNA-instabilitet på dessa platser förblir helt identifierade.

förstärkare och initiativtagare delar många funktioner, inklusive liknande sekvensmotiv, transkriptionsmaskiner, kromatinmiljö och förändringar i aktivitet vid bindning av aktivatorer eller förtryckare (Core et al. 2014; Scruggs m.fl., 2015; Fulco m.fl. 2016; Vihervaara et al. 2017). Den funktionella rollen av transkription från förstärkare förblir emellertid elusiv. Det är frestande att spekulera om att transkription i sig hjälper till att medla enhancer–promotor colocalization, kanske genom Pol II: s affinitet för vanliga samaktivatorer som medlare, CBP, Integrator, remodeling komplex och histon modifierare. Alternativt kan transkription helt enkelt upprätthålla öppen och aktiv kromatinarkitektur (till exempel Scruggs et al. 2015), vilket möjliggör enhancer-promotorinteraktioner genom faktorbindning., Endera modellen av transkriptionsdriven förstärkare och promotorns anslutning hjälper till att förklara deras extrema likheter vid initiering och pausa beteenden.

bekräftelser

Vi ber om ursäkt till författare vars arbete inte kunde citeras i denna korta kommunikation. Detta arbete är finansierat av Centrum för Ryggradsdjur Genomik genom National Institutes of Health (NIH) utbildningsbidrag T32HD057854 till N. D. T., den Sigrid Jusélius Stiftelse för att A.V., och NIH UM1HG009393 till J. T. L., Innehållet är enbart författarnas ansvar och representerar inte nödvändigtvis de officiella åsikterna från National Institute of Health.

fotnoter

  • artikeln är online påhttp://www.genesdev.org/cgi/doi/10.1101/gad.311605.118.

  • © 2018 Tippens et al.; Publicerad av Cold Spring Harbor Laboratory Press

denna artikel distribueras uteslutande av Cold Spring Harbor Laboratory Press under de första sex månaderna efter publiceringsdatumet för hela utgåvan (se http://genesdev.cshlp.org/site/misc/terms.xhtml)., Efter sex månader är den tillgänglig under en Licens från Creative Commons (Erkännande-Ickekommersiell 4.0 International), som beskrivs i http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/.

föregående avsnitt

  1. Arnold CD, Gerlach D, Stelzer C, Boryń ŁM, Rath m, Stark A. 2013. Genomet-omfattande kvantitativa förstärkare aktivitetskartor identifieras av STARR-seq. Vetenskap 339: 1074-1077.

  2. Core LJ, Martins AL, Danko CG, Waters CT, Siepel a, Lis jt. 2014., Analys av begynnande RNA identifierar en enhetlig arkitektur av initieringsregioner hos däggdjurspromotorer och förstärkare. Nat Genet 46: 1311-1320.

  3. Dao LT, Galindo-Albarrán AO, Castro-Mondragon JA, Andrieu-Soler C, Medina-Rivera En, Souaid C, Charbonnier G, En Griffon, Vanhille L, Stephen T, et al. 2017. Genomet-omfattande karakterisering av däggdjurspromotorer med distala förstärkare Funktioner. Nat Genet 49: 1073-1081.

  4. Fulco CP, Munschauer M, Anyoha R, Munson G, Grossman SR, Perez EM, Kane M, Cleary B, Lander ES, Engreitz JM. 2016., Systematisk kartläggning av funktionella förstärkare-promotor anslutningar med CRISPR interferens. Vetenskap 354: 769-773.

  5. Henriques T, Scruggs BS, Inouye MO, Muse GW, Williams L, Burkholder AB, Lavendel CA, Fargo DC, Adelman K. 2018. Utbredd transcriptional pausing och töjningskontroll vid förstärkare. Gener Dev (denna fråga). doi:10.1101/gad.309351.117.

  6. Kim TK, Hemberg M, Grå JM, Costa AM, Björn DM, Wu J, Harmin DA, Laptewicz M, Barbara-Haley K, Kuersten S, et al. 2010., Utbredd transkription vid neuronal aktivitet-reglerade förstärkare. Natur 465: 182-187.

  7. Mikhaylichenko O, Bondarenko V, Harnett D, Schor IE, Män M, Viales RR, Furlong EEM. 2018. Graden av förstärkare eller promotoraktivitet återspeglas av erna-transkriptionens nivåer och riktning. Gener Dev (denna fråga). doi:10.1101/gad.308619.117.

  8. Serfling E, Jasin M, Schaffner W. 1985. Förstärkare och eukaryotisk gen transkription. Trender Genet 1: 224-230.,

  9. Scruggs BS, Gilchrist DA, Nechaev S, Muse GW, Burkholder En, Fargo DC, Adelman K. 2015. Dubbelriktad transkription härrör från två distinkta nav av transkriptionsfaktorbindning och aktiv kromatin. Mol Cell 58: 1101-1112.

  10. Vihervaara En, Mahat DB, Guertin MJ, Chu T, Danko CG, Lis JT, Sistonen L. 2017. Transcriptional svar på stress är föransluten av promotor och enhancer arkitektur. Nat Commun 8: 255.

Leave a Comment