Keine andere mission erlitt San Fernando späteren Abbau. Im Jahr 1888 wurde das Mission-Anwesen als Lager und Stall genutzt, und später wurden das Gelände und die Terrasse zu einer Schweinefarm. Erst 1896 begann Charles Fletcher Lummis, ein prominentes Mitglied des Landmarks Club, eine Kampagne zur Rückgewinnung des Missionseigentums, die das Vermögen von San Fernando verbesserte. Im Jahr 1923 kehrte die Kirche wieder in die Mission zurück und das Eigentum wurde den Oblatenvätern übergeben., Seitdem sind die Restaurierungsarbeiten stetig vorangekommen.
Das schöne „lange Gebäude“ von San Fernando enthält eine reiche Auswahl an Reliquien. Die große Weinpresse, der Raucherraum und das Refektorium zeigen keine Verschlechterung. Das Hospiz enthält noch die Möbel und die unhöflichen Annehmlichkeiten seiner früheren Tage. Die erst kürzlich restaurierte Kirche zeigt ein beeindruckendes Bild der religiösen Phase des Missionslebens. Es ist etwas kleiner und schmaler als die Kirchen der anderen Missionen, aber dies trägt nur zu seinem Gefühl von Intimität und Gastfreundschaft bei., Die merkwürdige unregelmäßige Neigung der Wände erinnert den Besucher an die primitive Natur der Arbeiter, die sie gebaut haben.
Das Gebäude enthält zwei weitere Merkmale, die einen besonderen Kommentar verdienen. Eines ist ein großes und etwas baufälliges Organ, das in seinen späteren Jahren erworben wurde, und das andere ist der Altar, dessen gesamter unterer Abschnitt spiegelgestützt ist. Es wird gesagt, dass dieser Spiegel, eine eher seltene Dekoration zum Zeitpunkt seiner Annahme, hauptsächlich eingeführt wurde, um es dem Padre zu ermöglichen, seine indische Gemeinde während der Gottesdienste im Auge zu behalten.,
Kürzlich erwarb das Museum einen über 360 Jahre alten riesigen Altar, der in dieses Land gebracht und in San Fernando aufbewahrt wurde. Ursprünglich 45 Fuß hoch und 47 Fuß breit, ist der Altar jetzt in mehreren Abschnitten, die vollständig die Wände von zwei der größten Räume in der Mission decken. Die Struktur ist eine Masse komplizierter Holzschnitzereien, die unzählige Reben und Blattdesigns darstellen. Einige dieser Ornamente projizieren vom Gesicht des Altars eine solche Entfernung, dass es unglaublich erscheint, dass sie überlebt haben könnten, ohne sich vom Hauptkörper der Schnitzerei zu lösen., Die gesamte Masse wurde mit Blattgold bedeckt, das immer noch einen reichen und üppigen Glanz behält. Die Schnitzerei fließt in einem Design um große Tafeln, in denen ölgemalte Leinwände, etwa fünf mal sieben Fuß groß, die Geschichte der Heiligen Familie erzählen.
Gegenüber von San Fernando befindet sich ein wunderschöner und geräumiger Park, der die Bedeutung der Mission als historisches Wahrzeichen unermesslich erhöht., Im Park befinden sich die alten Seifenwerke, der ursprüngliche Brunnen, der jetzt etwa 30 Meter von seinem ersten Standort entfernt ist, und ein großer, seltsam geformter Stausee, aus dem die Missionsväter mit Wasser versorgt wurden. Den Eingang zum Park dominiert die Figur von Pater Junípero Serra.
Nachdem Mexiko seine Unabhängigkeit von Spanien erlangt hatte, stellte es fest, dass es sich nicht mehr leisten konnte, die Missionen so laufen zu lassen, wie es Spanien getan hatte. 1834 beschloss Mexiko, das Missionssystem zu beenden und alle Länder zu verkaufen., Sie boten das Land den Indianern an, die das Land nicht wollten oder den Kaufpreis nicht einholen konnten. Das Land wurde in kleinere Ranchos aufgeteilt und an mexikanische Bürger verkauft, die während des Unabhängigkeitskrieges hilfreich waren. Im Jahr 1845 erklärte Gouverneur Pio Pico Missionsgebäude zum Verkauf und im Jahr 1846 machte San Fernando Rey de Espana sein Hauptquartier. Im Jahr 1842 gräbt der Bürgermeister der Mission nach Zwiebeln, als er Gold auf dem Missionsgelände entdeckte. Dies war 6 Jahre vor dem berühmten Goldrausch in Nordkalifornien., Jahrhunderts für viele Dinge genutzt; es war eine Station für die Butterfield Stage Lines; es wurde als Lagerräume für die Porter Land and Water Company verwendet; und 1896 wurde das Viereck tatsächlich als Schweinefarm genutzt. Nach fast 30 Jahren wurden die Missionen an die katholische Kirche zurückgegeben. Obwohl einige der Missionen bereits an die Kirche zurückgegeben worden waren, unterzeichnete Präsident Abraham Lincoln 1863 ein Gesetz, das erklärte, dass alle 21 Missionen in der kalifornischen Missionskette Eigentum der katholischen Kirche werden würden und dies seit dieser Zeit der Fall ist.,
San Fernando Kirche wurde die Arbeit wieder in die Kirche im Jahre 1923, als die Oblate Priester kam. Es wurden viele Versuche unternommen, die alte Mission aus den frühen 1900er Jahren wiederherzustellen, aber erst als die Hearst Foundation in den 1940er Jahren ein großes Geldgeschenk gab, wurde die Mission schließlich wiederhergestellt. 1971 beschädigte ein großes Erdbeben die Kirche, die komplett umgebaut werden musste. Die Reparaturen wurden 1974 abgeschlossen.