Beslutningen om å delta i prestedømmet
I februar 1941 Wojtyła kom hjem fra jobb en dag til å oppdage at hans far døde alene; han ba av kroppen hele natten. Ved høsten 1942 han hadde bestemt seg for å gå inn prestedømmet. For to år, mens de fortsatt jobber i den kjemiske fabrikken, han gikk ulovlig seminar-klassene kjøres av Kraków, kardinal erkebiskop, Prins Adam Sapieha., Etter såvidt å unnslippe en Nazi-roundup av funksjonsfriske menn og gutter i 1944, Wojtyła tilbrakte resten av krigen i erkebispegården, forkledd som en imam. Som pave, Wojtyła minnes om at det å være vitne til Nazistenes grusomheter, blant annet drapet på mange prester, viste ham den virkelige betydningen av prestedømmet.
I 1945 Sovjeterne erstattet Tyskerne som okkupanter av Polen. I November 1946 Wojtyła ble ordinert av Sapieha i den Katolske presteskapet., Han valgte å si sin første mass, assistert av Figlewicz, i Wawel-Katedralen i krypten kapell blant sarkofager av polsk monarkene og helter, inkludert de som hadde forsvart nasjonale frihet og Europeiske Kristenheten. Han begynte deretter to års studier i Roma, hvor han fullførte sin første doktorgrad, og en undersøkelse av det teologiske av St. Johannes av Korset. Tildelt i Kraków, St. Florian ‘ s parish i 1949, han studerte, skrev og holdt foredrag om filosofi og sosiale og seksuelle etikk., I løpet av de neste ti årene fullførte han en annen doktorgrad, og underviste i teologi og etikk ved Jagiellonian University, og til slutt ble utnevnt til et fullt professorat ved det Katolske Universitetet i Lublin.
Den unge presten skrev dikt, utgitt anonymt, på et utvalg av religiøse, sosiale og personlige temaer. Han ble også den åndelige leder og mentor i en krets av unge voksne venner som han ble med på kajakk og camping turer. Sammen, de feiret messe i åpne-i en tid da det ikke-godkjente tilbedelse utenfor kirkene ble forbudt av det kommunistiske regimet., Erfaringer med disse vennene bidratt til ideer i sin første bok av faglitteratur, Kjærlighet og Ansvar (1960), en utforskning av flere nådegaver tilgjengelig i conjugal seksuelle relasjoner. Arbeidet ble oppfattet som radikale av de som holdt den tradisjonelle kirken vise at sex var utelukkende for det formål av forplantningen.
Kirkens ledere var imponert over Wojtyła evne til å operere i et dynamisk pastorate tross kommunistiske restriksjoner. I 1958 Pave Pius XII utnevnte ham til en ekstra biskop i Kraków., På det Annet vatikankonsil (1962-65) Wojtyła så markert seg som halvveis gjennom rådet, i desember 1963, Pave Paul VI kåret ham til erkebiskop av Kraków.
Det Andre vatikankonsil introdusert Wojtyła til å problemer blant annet rollen som lek, kirkens forhold til andre religioner, og sine forbindelser med den sekulære verden. Etter rådets konklusjon i 1965, Wojtyła ble utnevnt til Pave Paul VI ‘ s Kommisjon for Studier av Problemer i Familien, Befolkning, og Fødselen Pris., Hans arbeid ser ut til å ha påvirket Humanae vitae (1968; «det Menneskelige Livet»), Paul VI ‘ s pavelige avvise kunstig prevensjon, som ble en av kirkens mest oversett læresetninger. Noen biskoper var også uenig med det, og sa: privat som på dette problemet, Wojtyła kan ha gjort grunnleggende teologisk feil.