L’associazione degli studenti estoni Vironia fu fondata il 29 settembre 1881, quando il paese faceva parte dell’Impero russo. L’organizzazione era dedicata a preservare le tradizioni culturali e la lingua dell’Estonia, che venivano soppresse., Alla sua fondazione, Vironia ha adottato una bandiera con strisce orizzontali di blu, nero e bianco-colori detto di stare per il cielo (blu), il suolo (nero), e l’aspirazione verso la libertà per la loro patria (bianco). Una cerimonia di dedicazione per la nuova bandiera ebbe luogo in segreto il 4 giugno 1884, e volò di nuovo durante la rivoluzione russa del 1905. Infine, il 24 febbraio 1918, l’Estonia divenne indipendente sotto la bandiera blu-nero-bianca, che fu ufficialmente riconosciuta nella costituzione del 4 luglio 1920.,
Dopo che l’Unione Sovietica assorbì l’Estonia nel 1940, la bandiera blu-nero-bianca fu messa fuori legge, ma la maggior parte degli estoni si risentì della successiva imposizione dei disegni di bandiere rosse sovietiche. Così, con l’allentamento dei controlli sovietici negli anni 1980, il governo estone ha riconosciuto i vecchi colori blu-nero-bianco il 23 giugno 1988. La bandiera stessa fu riadottata il 20 ottobre dello stesso anno e sostituì completamente la bandiera estone sovietica l ‘ 8 maggio 1990. La memoria della bandiera 1918-40 era stata mantenuta viva dagli estoni in esilio in Svezia, negli Stati Uniti e altrove.