Päätös liittyä pappeuden
helmikuussa 1941 Wojtyła palasi töistä yksi päivä, huomaat, että hänen isänsä oli kuollut yksin; hän rukoili kehon koko yön. Syksyllä 1942 hän oli päättänyt astua papistoon. Työskennellessään vielä kaksi vuotta kemiantehtaalla hän osallistui Krakówin kardinaaliarkkipiispan, Prinssi Adam Sapiehan johtamille laittomille seminaarikursseille., Kun suppeasti karkaaminen Natsi roundup työkykyiset miehet ja pojat, vuonna 1944, Wojtyła vietti lopun sodan arkkipiispan palatsi, naamioitu munkki. Paavina Wojtyła muistutti, että natsien kauhujen todistaminen, mukaan lukien monien pappien murhaaminen, osoitti hänelle pappeuden todellisen merkityksen.
vuonna 1945 neuvostoliittolaiset syrjäyttivät saksalaiset Puolan miehittäjinä. Marraskuussa 1946 Sapieha vihki Wojtyłan katoliseen papistoon., Hän päätti sanoa ensimmäisen messunsa Figlewiczin avustamana Wawelin katedraalin kryptakappelissa Puolan hallitsijoiden ja sankarien sarkofagien keskellä, mukaan lukien ne, jotka olivat puolustaneet kansallista vapautta ja eurooppalaista kristikuntaa. Tämän jälkeen hän aloitti kaksi vuotta opiskelun Roomassa, jossa hän suoritti ensimmäisen tohtorintutkintonsa, ristin Pyhän Johanneksen teologian tutkimuksen. Hänet määrättiin Krakovan Pyhän Florianin seurakuntaan vuonna 1949, ja hän opiskeli, kirjoitti ja luennoi filosofiasta sekä sosiaalisesta ja seksuaalisesta etiikasta., Seuraavan vuosikymmenen aikana hän on suorittanut toisen tohtorin, opetti teologiaa ja etiikkaa, Jagiello-Yliopisto, ja lopulta oli nimittänyt täyden professorina Lublinin Katolinen Yliopisto.
nuori pappi kirjoitti nimettömänä julkaistua runoutta erilaisista uskonnollisista, yhteiskunnallisista ja henkilökohtaisista aiheista. Hän myös tuli hengellinen johtaja ja mentori ympyrä nuorten aikuisten ystäviä, joille hän liittyi melonta ja retkeily matkoja. Yhdessä he juhlivat messua avoimesti aikana, jolloin kommunistihallinto kielsi hyväksymättömän palvonnan kirkkojen ulkopuolella., Kokemuksia nämä ystävät osaltaan ajatuksia hänen ensimmäinen kirja tietokirjallisuus, Rakkaus ja Vastuu (1960), tutkia useita armolahjoja saatavilla aviollinen seksuaalisen suhteita. Teosta pitivät radikaaleina ne, jotka pitivät perinteistä kirkkokäsitystä siitä, että seksi oli yksinomaan suvunjatkamistarkoituksessa.
Kirkkojohtajiin teki vaikutuksen Wojtyłan kyky toimia dynaamisena pastoraattina kommunistien rajoituksista huolimatta. Vuonna 1958 paavi Pius XII nimitti hänet Krakovan ylimääräiseksi piispaksi., Vatikaanin toisessa kirkolliskokouksessa (1962-65) Wojtyła kunnostautui niin, että kirkolliskokouksen puolivälissä joulukuussa 1963 paavi Paavali VI nimesi hänet Krakovan arkkipiispaksi.
Toisen kirkolliskokouksen käyttöön Wojtyła kysymyksiä, kuten rooli maallikoita, kirkon suhteita muihin uskontoihin, ja sen suhteet maalliseen maailmaan. Kirkolliskokouksen päätyttyä vuonna 1965 Wojtyła nimitettiin paavi Paavali VI: n tehtävään tutkia perheen, väestön ja syntyvyyden ongelmia., Hänen työnsä näyttää vaikuttaneen Humanae vitaeen (1968;” of Human Life”), Paul VI: n kiertokirjeeseen hylkäävään keinotekoiseen ehkäisyyn, josta tuli yksi kirkon sivuutetuimmista opetuksista. Jotkut piispatkin olivat asiasta eri mieltä ja sanoivat yksityisesti, että Wojtyła on saattanut tehdä tässä asiassa teologisia perusvirheitä.