Bysantin keisari Leo III, joka pyrki määräämään ikonoklastisia oppeja lännessä
Jännitteet Gregoriuksen ja keisarillisen hovin välillä alkoivat noin vuonna 722, kun keisari Leo III yritti nostaa veroja paavinistuimen valuuttavarannoista Italiassa. Leo tarvita tätä tuloja maksamaan jatkuva Arabien sotaa, kun Gregory tarvitaan se antaa paikallisten elintarvikkeiden kaupungin Rooma, mikä lievittää Rooma on sen luottaminen pitkän matkan tarjonta viljaa., Tämän seurauksena Gregorius kieltäytyi maksamasta lisäveroja ja kannusti Rooman kansaa ajamaan Rooman keisarillisen kuvernöörin pois kaupungista, eikä Leo kyennyt määräämään hänen tahtoaan Roomalle, koska Lombardien painostus esti Ravennan eksarkia lietsomasta armeijaa paavin syrjäyttämiseksi.
kuitenkin vuonna 725 mahdollisesti keisarin pyynnöstä Konstantinopolista Rooman herttuakuntaa hallitsemaan lähetetty Marinus rohkaisi salaliittoa paavin murhaamiseksi., Kun mukaan otettiin Basileios-niminen herttua, Chartoularios Jordanes ja lurion-niminen alidiakoni, Marinoksen lähtö keskeytti juonen, vain nähdäkseen sen palaavan uuden eksarkian Paavalin saapuessa. Juoni kuitenkin paljastui, ja salaliittolaiset surmattiin.
sitten vuonna 726 Leo antoi ikonoklastisen ediktin, jossa tuomittiin minkä tahansa pyhimysten ikonin hallussapito. Vaikka Leo ei ryhtynyt panemaan täytäntöön tätä käskykirjettä lännessä sen jälkeen, kun se oli luettu Roomassa ja Ravennassa, Gregorius hylkäsi heti ediktin., Kuultuaan tämän Ravennan Eksarkaatti nousi kapinaan ikonoklasmia vastaan. Ravennan ja Pentapoliin herttuakunnan armeijat kapinoivat tuomiten sekä Eksarkian Paavalin että Leo III: n ja kukistivat uskollisina pysyneet upseerit. Paavali kokosi lojalistien joukot ja yritti palauttaa järjestyksen, mutta sai surmansa. Armeijat keskustelivat Oman keisarin valitsemisesta ja Konstantinopoliin marssimisesta, mutta paavi Gregorius ei suostunut toimimaan Leoa vastaan., Samaan aikaan, itse kuvattu ”duke” Exhilaratus ja hänen poikansa Hadrianuksen kapinoi Napoli, kaksipuolinen keisarin kanssa ja marssi Roomaan jotta tappaa Gregory, mutta oli kaadettu ihmiset ja tappoi.
vuonna 727 Gregorius kutsui synodin tuomitsemaan ikonoklasmia. Kreikkalaislähteiden, pääasiassa Theofaneen, mukaan Gregorius erotti Leon tässä vaiheessa kirkosta. Yksikään länsilähde, erityisesti Liber pontificalis, ei kuitenkaan vahvista Gregoriuksen tekoa. Tämän jälkeen hän lähetti Leolle kaksi kirjettä, joissa hän kielsi keisarilliselta oikeudelta puuttua oppiasioihin., Hän kirjoitti:
”You say: ’we worship stones and walls and boards.’Mutta se ei ole niin, Oi Keisari, mutta ne palvelevat meitä muistamista ja kannustusta, nosto-meidän hidas henget ylöspäin, ne, joiden nimet kuvia karhun ja joiden esityksiä he ovat. Ja me emme palvo heitä Jumalana, kuten te väitätte, Jumala varjelkoon!… Jopa pienet lapset pilkkaavat sinua., Mene johonkin heidän kouluunsa ja sano, että olet kuvien vihollinen, ja kohta he heittävät pienet taulunsa päähäsi, ja mitä et ole oppinut viisailta, jotka voit poimia tyhmiltä… Pyhän Pietarin, Apostolien ruhtinaan, meille antaman vallan nojalla saatamme langettaa teille rangaistuksen, mutta koska olette vedonneet itseenne, niin tehkää se, te ja valitsemanne neuvonantajat… vaikka sinulla on niin erinomainen ylimmäinen pappi, veljemme Germanus, jonka sinun olisi pitänyt ottaa neuvoihisi isänä ja opettajana. . . ., Kirkon dogmit eivät ole keisarin vaan piispojen asia.”
vuonna 728 Leo lähetti Italiaan uuden eksarkin, Eutychiuksen, hakemaan tilannetta. Eutykhios lähetti Roomaan lähettilään, jolla oli ohjeet tappaa Gregorius ja kaupungin pääylimystö, mutta juoni paljastui ja tyrehtyi. Seuraavaksi hän yritti käännyttää Lombardien kuninkaan ja herttuat paavia vastaan, mutta nämä säilyttivät kaksijakoisen asenteensa, eivät sitoutuneet suuntaan tai toiseen., Samana vuonna Gregorius kirjoitti Konstantinopolin patriarkka Germanus I: lle ja antoi tälle tukensa, ja kun Germanus luopui kruunusta, Gregorius kieltäytyi tunnustamasta uutta patriarkkaa Anastasiusta eikä Leon kutsuman kirkolliskokouksen ikonoklastisia päätöksiä.
vuonna 729 Eutychius onnistui lopulta solmimaan liiton Lombardikuningas Liutprandin kanssa, ja molemmat suostuivat auttamaan toista kapinallisten alamaistensa kanssa. Kun he olivat alistaneet Spoleton ja Beneventon herttuat ja saattaneet heidät Liutprandin vallan alle, he kääntyivät Roomaan tarkoituksenaan saada Gregorius kantamaan., Rooman ulkopuolella Gregorius onnistui kuitenkin hajottamaan häntä vastaan solmitun liiton Liutprandin palattua Paviaan. Tämän jälkeen Eutychius saavuttanut levoton aselevon Gregory, ja paavi palaa taottu väliaikainen aselepo välillä Lombards ja Bysanttilaiset. Siitä huolimatta Gregorius oli yhä omistautunut ja tarmokas valtakunnan puolustaja. Tämä osoitettiin vuonna 730, kun nousi toinen vallanananastaja, Tiberius Petasius, joka herätti kapinan Toscanassa. Hänet kukisti eksarkki Eutykhios, joka sai tasaisen tuen paavi Gregoriukselta.,
Gregorius kuoli 11.helmikuuta 731, ja hänet haudattiin Pietarinkirkkoon. Hänen hautansa sijainti on sittemmin kadonnut. Hänet kanonisoitiin myöhemmin, ja hänet muistetaan pyhimyksenä roomalaisessa kalenterissa ja martyrologiassa 13. helmikuuta, vaikka jotkut martyrologit luettelivat hänet alle 11.