Indian Agent ja Yhdysvaltain Sotilasupseeri
vuonna 1853 Carson otti uuden roolin suostuen toimimaan Pohjois-New Mexicon liittovaltion intialaisena agenttina, pääasiassa Utesin ja Jicarillan apassien kanssa. Hän näki valkoisten siirtolaisten läntisen muuttoliikkeen vaikutuksen intiaaneihin ja uskoi, että intiaanien hyökkäykset valkoisia vastaan olivat epätoivoisia. Jotta nämä ihmiset eivät kuolisi sukupuuttoon, Carson kannatti intiaanireservaattien luomista.,
puhkeaminen sisällissota 1861, Unionin painanut Carson auttaa järjestämään Ensimmäinen New Mexico Vapaaehtoinen Jalkaväkirykmentti. Everstiluutnanttina palvellessaan hän osallistui Konfederaation sotilaiden veriseen yhteenottoon Valverden taistelussa vuonna 1862.
Carson johti myös sotaretkiä alueen intiaaniheimoja vastaan, mitä raivokkaimmin pyrkimystä pakottaa navajot siirtymään Bosque Redondon reservaattiin Fort Sumneriin., Carson ja hänen miehensä tuhosivat viljelykasveja ja tappoivat karjaa, heidän hyökkäyksensä tasoittivat tietä Navajojen perinteisille vihollisheimoille, jotka seurasivat omia hyökkäyksiään. Nälkiintyneenä ja uupuneena navajot antautuivat lopulta vuonna 1864 ja joutuivat marssimaan noin 300 mailia reservaattiin. Pitkänä kävelynä tunnettu matka osoittautui raa ’ aksi, ja se maksoi satojen osallistujien hengen.
Lopullinen Vuotta Coloradossa, Kuolema ja Perintö
Ylennettiin prikaatikenraali vuonna 1865, Carson muutti Coloradoon sodan jälkeen ja nimitettiin komentaja Fort Garland., Hän neuvotteli rauhansopimuksen utet tänä aikana ennen eroamista vuonna 1867 heikentyneen terveyden vuoksi.
Carson vietti viimeiset kuukautensa intialaisten asioiden tarkastajana Coloradon territoriossa. Uuvuttavan itärannikon matkan jälkeen vuonna 1868 hän palasi Coloradoon karmeassa kunnossa. Kolmannen ja viimeisen vaimonsa kuoltua huhtikuussa Carson seurasi noin kuukautta myöhemmin, 23. toukokuuta 1868, tiettävästi viimeiset sanat: ”Doctor, compadre, adios!,”
Amerikan Lännen frontiersman-päivien ikoni, Carson muistetaan muun muassa nimittämällä Californian Carson City, Nevada ja Carson Pass. Yhdessä dime romaaneja, jotka vahvistivat hänen legenda, kun hän oli vielä elossa, hän oli memorialized Länsi-teemainen elokuvia ja tv-ohjelmia, kuten seikkailuja Kit Carson, joka esitettiin 1951-1955.
Carsonin elämästä tehtiin uusintaversio Hampton Sidesin vuonna 2006 ilmestyneessä kirjassa Blood and Thunder: an Epic of the American West. Alkuvuodesta 2018 hän esiintyi History Channelin dokumenttisarjassa Frontiersmen.