Den estiske students’ association Vironia blev grundlagt i September 29, 1881, da landet blev en del af det russiske Imperium. Organisationen var dedikeret til at bevare Estlands kulturelle traditioner og sprog, som blev undertrykt., Ved grundlæggelsen vedtog Vironia et flag med vandrette striber af blå, sort og hvid—farver siges at stå for himlen (blå), jorden (sort) og aspirationen mod frihed for deres hjemland (hvid). En indvielsesceremoni for det nye flag fandt sted i hemmelighed den 4.juni 1884, og det fløj igen under den russiske Revolution i 1905. Endelig blev Estland den 24. februar 1918 uafhængig under det blå-sort-hvide flag, som officielt blev anerkendt i forfatningen den 4.juli 1920.,
efter at Sovjetunionen absorberede Estland i 1940, blev det blå-sort-hvide flag forbudt, men de fleste esterne modsatte sig den efterfølgende indførelse af sovjetiske Røde bannerdesign. Med løsningen af sovjetiske kontroller i 1980 ‘ erne anerkendte den estiske regering de gamle blå-sort-hvide farver den 23.juni 1988. Selve flaget blev genoptaget den 20. oktober samme år, og det erstattede det sovjetiske estiske flag fuldstændigt den 8.maj 1990. Mindet om 1918-40 flaget var blevet holdt i LIVE af esterne i eksil i Sverige, USA og andre steder.