estonské sdružení studentů Vironia byla založena 29. září roku 1881, kdy byla země součástí ruského Impéria. Organizace byla věnována zachování kulturních tradic a jazyka Estonska, které byly potlačeny., Na jeho založení, Vironia přijata vlajka s horizontálními pruhy modré, černé a bílé—barvy, které řekl, aby stát za sky (modrá), půda (černá), a aspirace směrem svobodu pro svou vlast (bílá). Slavnostní zasvěcení nové vlajky se konalo tajně 4.Června 1884 a znovu přiletělo během ruské revoluce v roce 1905. Konečně, 24. února 1918, se Estonsko stalo nezávislým pod modro-černobílou vlajkou, která byla oficiálně uznána v ústavě ze dne 4.července 1920.,
Poté, co Sovětský Svaz vstřebává Estonsko v roce 1940, modrá-černá-bílá vlajka byla zakázána, ale většina Estonců nesnášel následné uložení Sovětské Rudé Banner vzory. Estonská vláda tak s uvolněním sovětských kontrol v 80.letech 23. června 1988 uznala staré modro-černobílé barvy. Samotná vlajka byla přečtena 20. října téhož roku a 8.května 1990 zcela nahradila sovětskou estonskou vlajku. Vzpomínka na vlajku z let 1918-40 byla udržována naživu Estonci v exilu ve Švédsku, Spojených státech a jinde.