Indisk Agent och amerikansk militär Officer
1853 tog Carson en ny roll och gick med på att fungera som en federal Indisk agent för norra New Mexico, främst arbetar med Utes och Jicarilla Apaches. Han såg effekterna av de vita bosättarnas västerländska migration på indianerna, och han trodde att attacker mot vita människor av indianer begicks i desperation. För att förhindra att dessa människor blir utrotade förespråkade Carson för skapandet av indiska reservationer.,
med utbrottet av inbördeskriget 1861, unionen knackade Carson att hjälpa till att organisera den första New Mexico volontär infanteri regemente. Som överstelöjtnant var han inblandad i den blodiga konflikten med konfedererade soldater i slaget vid Valverde 1862.
Carson ledde också kampanjer mot indianska stammar i regionen, mest infamously ansträngningen att tvinga Navajo att flytta till Bosque Redondo reservation på Fort Sumner., Carson och hans män förstörde grödor och dödade boskap, deras angrepp banar vägen för traditionella fiendens stammar av Navajo att följa med sina egna attacker. Svältande och utmattad, Navajo slutligen kapitulerade 1864, och tvingades marschera ca 300 miles till bokningen. Resan, känd som den långa promenaden, visade sig vara brutal och kostade hundratals deltagares liv.
sista åren i Colorado, död och arv
befordrad till brigadgeneral 1865 flyttade Carson till Colorado efter kriget och utsågs till befälhavare för Fort Garland., Han förhandlade fram ett fredsavtal med Utes under denna tid innan han avgick 1867 på grund av minskande hälsa.
Carson tillbringade sina sista månader som föreståndare för indiska angelägenheter för Colorado Territory. Efter en ansträngande resa till östkusten 1868 återvände han till Colorado i fruktansvärt skick. Efter att hans tredje och sista fru dog i April följde Carson ungefär en månad senare, den 23 maj 1868, som enligt uppgift levererade de sista orden: ”Doktor, compadre, adios!,”
en ikon för frontiersman-dagarna i den amerikanska västern, Carson kommer ihåg genom beteckningen av sådana platser som Carson City, Nevada och Carson Pass i Kalifornien. Tillsammans med Dime-romanerna som stärkte hans legend medan han fortfarande levde, memorerades han i västerländska filmer och TV-program som The Adventures of Kit Carson, som sändes från 1951 till 1955.
Carsons liv omarbetades i 2006 års bok Blood and Thunder: An Epic of the American West, av Hampton Sides. I början av 2018 var han med i History Channel dokumentärserien Frontiersmen.