Hertigdömet Oberbayern skapades för första gången med den första Bayerska partitionen i 1255 under duke Louis II men det fanns ingen exakt korrelation mellan detta hertigdöme och det nuvarande territoriet. Efter återföreningen 1340 delades Bayern igen 1349, och 1392 skapades hertigdömet Bayern-München och Bayern-Ingolstadt i Oberbayern. År 1505 återförenades Bayern permanent. För administrativa ändamål delades Bayern upp i Rentämter (plural of Rentamt ). Oberbayern bestod av Rentamt München och Rentamt Burghausen.,
Efter grundandet av Kungariket Bayern var staten helt omorganiserad och, 1808, uppdelad i 15 administrativa distrikt (Regierungsbezirke (singular Regierungsbezirk)), i Bayern kallas (Kreise (singular Kreis)). De skapades i mode av de franska avdelningarna, ganska även i storlek och befolkning, och namnges efter deras huvudsakliga floder. Under de följande åren, på grund av territoriella förändringar (t. ex. förlust av Tyrolen, tillägg av Palatinat), minskade antalet distrikt till 8. En av dessa var Isarkreis (Isar Distrikt)., År 1837 döpte Kung Ludwig I av Bayern Kreise efter historiska namn och stammar. Detta innebar också gränsändringar eller territoriella swappar. Således ändras Isarkreis till Oberbayern.
i stället för en Rentamt-stil ren administrationsenhet blev de nyskapade distrikten föregångare till modern regional självstyre, som byggde en politisk och administrativ länk mellan den bayerska staten som helhet och de lokala myndigheterna.