nicio altă misiune nu a suferit degradarea ulterioară a lui San Fernando. În 1888, proprietatea misiunii a fost folosită ca depozit și grajd, iar mai târziu terenul și terasa au devenit o fermă de porci. Nu a fost până în 1896 când Charles Fletcher Lummis, un membru proeminent al Clubului Repere, a început o campanie pentru a revendica proprietatea misiunii că averile din San Fernando îmbunătățit. În 1923, Biserica a revenit din nou la misiune, iar proprietatea a fost predată părinților Oblați., De atunci, lucrările de restaurare au înregistrat progrese constante. frumoasa „clădire lungă” din San Fernando conține un bogat sortiment de relicve. Marea presă de vin, camera de fum și sala de mese nu arată nici o deteriorare. Hospice conține încă mobilierul și facilitățile nepoliticoase din zilele sale anterioare. Biserica, recent restaurată, prezintă o imagine impresionantă a fazei religioase a vieții misiunii. Este ceva mai mic și mai îngust decât bisericile celorlalte misiuni, dar acest lucru nu face decât să adauge sentimentul său de intimitate și ospitalitate., Curioasa înclinare neregulată a zidurilor îi amintește vizitatorului de natura primitivă a muncitorilor care au construit-o. clădirea conține alte două caracteristici demne de un comentariu special. Unul este un organ mare și oarecum dărăpănat dobândit în ultimii ani, iar celălalt este altarul, a cărui întreagă secțiune inferioară este susținută de oglindă. Se spune că această oglindă, o decorație destul de rară la momentul adoptării sale, a fost introdusă în primul rând pentru a permite părintelui să supravegheze congregația sa indiană în timpul slujbelor religioase., recent, muzeul a achiziționat un altar imens, vechi de peste 360 de ani, care a fost adus în această țară și depozitat la San Fernando. Inițial de 45 de metri înălțime și 47 de metri lățime, altarul este acum în mai multe secțiuni, care acoperă complet pereții a două dintre cele mai mari camere din misiune. Structura este o masă de sculpturi complicate din lemn, reprezentând nenumărate viță de vie și modele de frunze. Unele dintre aceste ornamente proiectează de pe fața altarului o asemenea distanță încât pare incredibil că ar fi putut supraviețui fără să se desprindă de corpul principal al sculpturii., Întreaga masă a fost acoperită cu frunze de aur care păstrează încă un luciu bogat și luxuriant. Sculptura curge într-un design în jurul panourilor mari în care pânzele pictate în ulei, de dimensiuni de aproximativ cinci pe șapte metri, relatează povestea Sfintei Familii. vizavi de San Fernando este un parc frumos și spațios, care adaugă incomensurabil la importanța misiunii ca punct de reper istoric., Recomandate în parc sunt săpun vechi works, fântâna originală acum unele 30 picioare distanță de la prima locație și un rezervor mare, ciudat în formă de la care părinții misiunii au fost alimentate cu apă. Dominând intrarea în parc este figura părintelui Junípero Serra.
după ce Mexicul și-a câștigat independența față de Spania, a constatat că nu își mai putea permite să mențină misiunile în desfășurare așa cum a făcut Spania. În 1834, Mexicul a decis să pună capăt sistemului de misiuni și să vândă toate terenurile., Ei au oferit terenurile indienilor care nu doreau terenurile sau nu puteau veni cu prețul de achiziție. Terenurile au fost împărțite în Ranchos mai mici și vândute cetățenilor mexicani care au fost de ajutor în timpul războiului pentru independență. În 1845, Guvernatorul Pio Pico a declarat clădiri de misiune de vânzare și în 1846, a făcut din San Fernando Rey De Espana sediul său. În 1842, mayordomo a misiunii a săpat pentru ceapă când a descoperit aur pe terenul misiunii. Aceasta a fost cu 6 ani înainte de faimoasa goană de aur din California de Nord., Misiunea a fost folosită pentru multe lucruri la sfârșitul anilor 1800; a fost o stație pentru liniile de scenă Butterfield; a fost folosită ca depozite pentru compania Porter Land and Water; iar în 1896, quadrangle-ul a fost de fapt folosit ca fermă de porci. După aproape 30 de ani, misiunile au fost returnate Bisericii Catolice. Deși unele dintre misiuni fuseseră deja returnate Bisericii, în 1863, Președintele Abraham Lincoln a semnat un Act prin care declara că toate cele 21 de misiuni din lanțul de misiuni din California vor deveni proprietatea Bisericii Catolice și au rămas așa de atunci.,biserica San Fernando a redevenit biserică funcțională în 1923, când au sosit preoții Oblați. Multe încercări au fost făcute pentru a restabili vechea misiune de la începutul anilor 1900, dar nu a fost până când fundația Hearst a dat un mare cadou de bani în anii 1940, că misiunea a fost în cele din urmă restaurat. În 1971, un cutremur mare a avariat biserica care a trebuit să fie complet reconstruită. Reparațiile au fost finalizate în 1974.