Agent Indian și ofițer militar american
în 1853, Carson a preluat un nou rol, fiind de acord să servească ca agent federal Indian pentru nordul New Mexico, lucrând în primul rând cu Utes și Apașii Jicarilla. El a văzut impactul migrației occidentale a coloniștilor albi asupra nativilor americani și a crezut că atacurile asupra oamenilor albi de către nativii americani au fost comise în disperare. Pentru a împiedica acești oameni să dispară, Carson a pledat pentru crearea rezervațiilor indiene.,odată cu izbucnirea Războiului Civil din 1861, Uniunea l-a lovit pe Carson pentru a ajuta la organizarea primului Regiment de infanterie voluntar din New Mexico. Servind ca locotenent colonel, a fost implicat în ciocnirea sângeroasă cu soldații confederați la Bătălia de la Valverde din 1862. Carson a condus, de asemenea, campanii împotriva triburilor Native americane din regiune, cel mai infam efortul de a forța Navajo să se mute în rezervația Bosque Redondo de la Fort Sumner., Carson și oamenii săi au distrus culturi și au ucis animale, atacul lor deschizând calea pentru triburile inamice tradiționale ale Navajo să urmeze cu propriile lor atacuri. Înfometați și epuizați, Navajo s-a predat în cele din urmă în 1864 și au fost forțați să mărșăluiască aproximativ 300 de mile până la rezervație. Călătoria, cunoscută sub numele de The Long Walk, sa dovedit a fi brutală, costând viața a sute de participanți.promovat la gradul de general de brigadă în 1865, Carson s-a mutat în Colorado după război și a fost numit comandant al Fort Garland., El a negociat un tratat de pace cu Utes în această perioadă înainte de a demisiona în 1867 din cauza scăderii sănătății.Carson și-a petrecut ultimele luni ca superintendent al afacerilor indiene pentru teritoriul Colorado. După o călătorie istovitoare pe coasta de Est în 1868, s-a întors în Colorado într-o stare groaznică. După ce a treia și ultima sa soție a murit în aprilie, Carson a urmat-o aproximativ o lună mai târziu, la 23 mai 1868, spunând ultimele cuvinte: „Doctore, compadre, adios!,”
O icoană a frontiersman zile de america de Vest, Carson este amintit prin desemnarea unor astfel de locații Carson City, Nevada, și Carson Pass din California. Alături de romanele ban care i-au susținut legenda în timp ce era încă în viață, a fost memorializat în filme și emisiuni TV cu tematică occidentală precum Aventurile lui Kit Carson, care au fost difuzate din 1951 până în 1955.viața lui Carson a fost reexaminată în cartea din 2006 Blood and Thunder: an Epic of the American West, de Hampton Sides. La începutul anului 2018, a fost prezentat în serialul documentar Frontiersmen al History Channel.