żadna inna misja nie uległa późniejszej degradacji San Fernando. W 1888 roku majątek misji został wykorzystany jako magazyn i stajnia, a później tereny i patio stały się gospodarstwem Wieprza. Dopiero w 1896 roku Charles Fletcher Lummis, prominentny członek Landmarks Club, rozpoczął kampanię mającą na celu odzyskanie posiadłości misyjnej, która poprawiła losy San Fernando. W 1923 roku kościół ponownie powrócił do misji, a majątek został przekazany ojcom Oblatów., Od tego czasu prace konserwatorskie poczyniły stały postęp.
piękny „długi budynek” San Fernando zawiera bogaty asortyment relikwii. Wielka prasa do wina, wędzarnia i refektarz nie wykazują pogorszenia. W hospicjum wciąż znajdują się meble i niegrzeczne udogodnienia z dawnych czasów. Niedawno odrestaurowany kościół prezentuje imponujący obraz religijnej fazy życia misyjnego. Jest ona nieco mniejsza i węższa niż kościoły innych misji, ale to tylko zwiększa poczucie intymności i gościnności., Ciekawe nieregularne nachylenie ścian przypomina odwiedzającemu prymitywną naturę robotników, którzy ją zbudowali.
budynek zawiera dwie inne cechy godne specjalnego komentarza. Jednym z nich jest duży i nieco zniszczony organ nabyty w późniejszych latach, a drugim jest ołtarz, którego cała dolna część jest lustrzana. Mówi się, że to lustro, dość rzadka Dekoracja w momencie jego przyjęcia, została wprowadzona przede wszystkim po to, aby ojciec mógł mieć oko na swoją indyjską Kongregację podczas nabożeństw religijnych.,
niedawno muzeum nabyło ogromny ołtarz, ponad 360-letni, który został przywieziony do tego kraju i przechowywany w San Fernando. Pierwotnie 45 stóp wysokości i 47 Stóp szerokości, ołtarz jest obecnie w kilku sekcjach, które całkowicie pokrywają ściany dwóch największych pomieszczeń w misji. Struktura jest masą skomplikowanych rzeźb w drewnie, reprezentujących niezliczone wzory winorośli i liści. Niektóre z tych ornamentów wystają z czoła ołtarza w takiej odległości, że wydaje się niewiarygodne, że mogły przetrwać bez oderwania się od głównego korpusu rzeźby., Cała masa została pokryta złotym liściem, które nadal zachowuje bogaty i bujny połysk. Rzeźba krąży wokół dużych paneli, na których malowane olejnie płótna o wymiarach około pięciu na siedem stóp opowiadają historię Świętej Rodziny.
naprzeciwko San Fernando znajduje się piękny i przestronny park, który niezmiernie zwiększa znaczenie misji jako historycznego punktu orientacyjnego., W parku znajdują się stare mydlarnie, oryginalna fontanna oddalona o około 30 stóp od pierwszej lokalizacji i duży, dziwnie ukształtowany zbiornik wodny, z którego ojcowie misji byli zaopatrywani w wodę. Nad wejściem do parku dominuje postać ojca Junípero Serra.
Po uzyskaniu przez Meksyk niepodległości od Hiszpanii okazało się, że nie stać go już na prowadzenie misji, tak jak uczyniła to Hiszpania. W 1834 roku Meksyk postanowił zakończyć system misji i sprzedać wszystkie ziemie., Oferowali ziemie Indianom, którzy nie chcieli tych ziem lub nie mogli wymyślić ceny zakupu. Ziemie zostały podzielone na mniejsze Rancho i sprzedane meksykańskim obywatelom, którzy byli pomocni podczas wojny o niepodległość. W 1845 roku gubernator Pio Pico ogłosił budynki misyjne na sprzedaż, a w 1846 roku San Fernando Rey de Espana stał się jego siedzibą. W 1842 roku majordom misji kopał cebulę, gdy odkrył złoto na terenie misji. To było 6 lat przed słynną gorączką złota w północnej Kalifornii., Misja była używana do wielu rzeczy pod koniec 1800 roku; była stacją dla Butterfield Stage Lines; był używany jako magazyny dla Porter Land And Water Company; a w 1896 roku czworokąt był faktycznie używany jako Farma Wieprza. Po blisko 30 latach misje powróciły do Kościoła Katolickiego. Chociaż niektóre misje zostały już zwrócone Kościołowi, w 1863 roku prezydent Abraham Lincoln podpisał akt, w którym zadeklarował, że wszystkie 21 misji w kalifornijskim łańcuchu misyjnym stanie się własnością Kościoła katolickiego i pozostanie nim od tego czasu.,
Kościół San Fernando ponownie stał się kościołem roboczym w 1923 roku, kiedy przybyli księża Oblaci. Wiele próbowano przywrócić starą misję z początku 1900 roku, ale dopiero Fundacja Hearsta dała duży dar pieniędzy w 1940 roku, misja została ostatecznie przywrócona. W 1971 roku wielkie trzęsienie ziemi uszkodziło kościół, który musiał całkowicie odbudować. Remont zakończono w 1974 roku.