Asystent trenera
To właśnie jego umiejętności jako ofensywnego umysłu przyciągnęły uwagę shanahana, właściciela Mavericka Los Angeles Raiders, Ala Davisa. Po tym, jak Shanahan i Raiders rozstali się w sezonie 1989, Shanahan powrócił do Broncos jako trener rozgrywających 16 października 1989 roku., Został zwolniony kilka lat później przez Reevesa po tym, jak znalazł się w środku narastającej waśni między Reevesem a rozgrywającym Johnem Elwayem.
Los Angeles Raiders
Był pierwszym trenerem Raiders zatrudnionym poza organizacją od samego Davisa 23 lata wcześniej., Shanahan (który okazał się bardzo niepopularny wśród graczy) i mikromancerujący Davis starli się niemal natychmiast, a sytuacja ta pogorszyła się dopiero po tym, jak Raiders zakończyli rozczarowujące 7: 9, przegrywając cztery ze swoich ostatnich pięciu meczów. Napięcie wzrosło pod koniec sezonu, gdy trener wide receivers i Lojalista Shanahan Nick Nicolau wdali się w gorącą kłótnię z asystentem trenera Artem shellem (Lojalista Davisa), w której Nicolau rzekomo oskarżył Shella o pracę tylko z powodu jego przyjaźni z Davisem., Kiedy Shell udał się później do Davisa, aby zapytać, czy to prawda, Davis odpowiedział natychmiastowym zwolnieniem Nicolau. Shanahan odpowiedział zwolnieniem trenera biegaczy Joe Scannella i koordynatora ofensywy Toma Walsha (obaj zatrudnieni przez Davisa), ale Davis nakazał im powrót do pracy. Na koniec sezonu Shanahan zwolnił defensywnych asystentów Williego Browna i Charliego Sumnera. Rozwścieczony Davis ponownie zatrudnił Browna na inne stanowisko w organizacji. Gdy w 1989 roku The Raiders rozpoczęli 1-3, Sam Shanahan został zwolniony i zastąpiony przez Shella., Ostatni rekord Shanahan Raiders wynosił 8-12 w niecałe dwa sezony, jadąc 2-7 po starcie 6-5.
San Francisco 49ersedit
Jego lata pod rządami Seiferta umieściły go w drzewku trenerskim Billa Walsha., W 1994 roku podczas trenowania 49ers, Shanahan dodał do trwającego sporu między nim a właścicielem Raiders Alem Davisem, kiedy to QB Elvis Grbac rzucił piłkę w głowę Davisa, który spudłował o kilka centymetrów, ponieważ Davis był w stanie uniknąć go w samą porę, potem Davis odpowiedział nieprzyzwoitym gestem.
Denver BroncosEdit
sukces Shanahana z the 49ers sprawił, że po raz kolejny został trenerem, tym razem w Denver., W sezonie 1997/1998 wywalczył z Broncos mistrzostwo Super Bowl, w tym czasie ustanawiając rekord zwycięstw w dwóch sezonach.
W latach 1996-1998 Broncos ustanawiali rekord NFL pod względem zwycięstw, prowadząc 46-10 przez trzy lata. W 1998 roku Broncos wygrali swoje pierwsze 13 meczów w drodze do wyniku 14-2. Shanahan, biorąc swój kij z West Coast Ofensywny guru Bill Walsh, był dobrze znany z skryptowych pierwszych 15 zagrywek ofensywnych w grze, i pomógł Broncos 1998 ustanowił rekord NFL w pierwszej kwarcie punktów zdobytych w sezonie., W 2005 roku zastąpił dana Reevesa jako najbardziej utytułowanego trenera w historii franczyzy.
Często odnajdywał niezhałasowanych uciekinierów z późniejszych rund corocznego draftu NFL, a następnie zamieniał ich w czołowych strzelców ligi za małymi, ale potężnymi liniami ofensywnymi. Przykładem tego zjawiska są Terrell Davis, Mike Anderson, Olandis Gary, Clinton Portis, Reuben Suughns i Tatum Bell, z których wszyscy mieli co najmniej jeden sezon na 1000 jardów w mundurze Denver podczas kadencji Shanahana.,
w 1999 roku, z pomocą pisarza Adama Scheftera, Shanahan napisał książkę motywacyjną o przywództwie Think Like A Champion, wydaną przez Harper Collins. W 2006 roku współpracował ze Stefanem Fatsisem, aby spędzić rok jako zawodnik Broncos place-kicker, a duża część powstałej książki a Few Seconds of Panic (2008) opisuje trenowanie Shanahana z punktu widzenia zawodnika.,
Po przejściu na emeryturę Elwaya i kontuzjach Davisa, Shanahan spędził sześć lat bez zwycięstwa w play-offach (w tym trzy sezony, w których Broncos nie zakwalifikowali się do postseason), co wywołało krytykę ze strony fanów. W sezonie 2005/2006 Broncos pokonali dwukrotnego obrońcę Super Bowl New England Patriots w dywizji AFC playoffs na Invesco Field w Mile High. Zwycięstwo to było jednak ostatnią wygraną Shanahana jako głównego trenera.,
Mimo że Broncos utrzymali rekord 8-5 w tygodniu 14 i wygraliby AFC West z jeszcze jednym zwycięstwem, drużyna przegrała pozostałe trzy mecze, A San Diego Chargers 8-8 wygrali dywizję w tiebreakerze.,na początku sezonu 2009/2010 Mike Shanahan był zainteresowany nazwaniem Shanahan przez Washington Redskins Park, który miał miejsce 5 sierpnia 2010 roku w Redskins Park w Ashburn.ich głównym trenerem, zastępując Jima Zorna. Pomimo tego, że zostało to zgłoszone przez kilka mediów, wiceprezydent Redskins ds. operacji piłkarskich, Vinny Cerrato, stwierdził, że zmiana trenera nie będzie brana pod uwagę do końca sezonu., 18 listopada 2009 Adam Schefter z ESPN poinformował, że Buffalo Bills skontaktowali się z Shanahanem w sprawie wakatu trenera po tym, jak zespół rozstał się z byłym trenerem Dickiem Jauronem.
5 stycznia 2010 W ramach umowy został również mianowany wiceprezesem ds. operacji piłkarskich, z końcowym głosem w sprawach piłki nożnej. Był jednym z kilku trenerów, którzy również posiadali tytuł lub uprawnienia dyrektora generalnego, wraz z Billem Belichickiem z Nowej Anglii i innymi., Shanahan podpisał pięcioletni, wart 35 milionów dolarów kontrakt. Kilka miesięcy wcześniej Bruce Allen został mianowany dyrektorem generalnym zespołu. Shanahan i Allen podzielili obowiązki dyrektora generalnego, a Shanahan miał ostatnie słowo. Model ten jest podobny do tego, jak Belichick i Scott Pioli pracowali podczas swoich ośmiu lat w Nowej Anglii.
syn Shanahana, Kyle Shanahan, został koordynatorem ofensywy Washington Redskins 20 stycznia 2010.,
Shanahan miał łącznie 11-21 rekord w pierwszych dwóch sezonach jako trener Redskins, a następnie 3-6 początek sezonu 2012, ale zakończył rok z siedmioma zwycięskimi Passami na drodze do pierwszego tytułu drużyny NFC East I home playoff od sezonu 1999. W tym sezonie Shanahan kontynuował również trend rozwijania nieheralded draft picks do 1000-yard rushers, z szóstym-rounderem Alfredem Morrisem., Redskins przegrali w rundzie playoffów NFL 2012 z Seattle Seahawks wynikiem 14-24, podczas której jego rozgrywający Robert Griffin III doznał Rozdarcia LCL i uszkodzonego ACL do wcześniej kontuzjowanego kolana. Shanahan poddał się krytyce za to, że poradził sobie z kontuzją, zarówno w przywróceniu Griffina do gry po początkowej kontuzji 9 grudnia, jak i utrzymaniu go w meczu przeciwko Seahawks po ponownym urazie kolana., Podczas gdy w grudniu 2012 roku pojawiły się doniesienia, że Redskins rozważają przedłużenie kontraktu z Shanahan w sezonie 2013, nie doszło do tego i pojawiły się późniejsze doniesienia, że Shanahan rozważał rezygnację po zakończeniu roku.
Griffin przeszedł operację rekonstrukcyjną kolana 9 stycznia i powrócił jako starter na początku sezonu 2013-2014, jednak Shanahan wycofał go z przedsezonu, aby uchronić go przed dalszą kontuzją. Zespół kontynuował zmagania w 2013 roku., Po trzech ostatnich meczach sezonu regularnego, Shanahan zdecydował się uczynić Griffina nieaktywnym do końca sezonu, ponieważ Shanahan uważał, że będzie to najlepsze zarówno dla Griffina, jak i dla Redskins.
W sezonie 2013 zespół zajął 3-13 miejsce i zajął ostatnie miejsce w NFC East division three z czterech sezonów Shanahan.