reputacja rozprzestrzeniła się w całej Europie
wbrew jej sprzeciwom, Franciszek uczynił Klarę przełożoną swojego zakonu w 1215 r.i uważa się, że nigdy nie opuściła opactwa San Damiano przez 40 lat od jej śmierci. Inna siostra, Beatrix, również poszła za nią tam, podobnie jak jej owdowiała matka i ciotka Bianca. Podobnie jak Zakon braci zakonnych Franciszka, jej idea szybko rozprzestrzeniła się po Włoszech i poza nią, powstało też kilka innych wspólnot ubogich Klarysek., Jako przełożona była znana z rygorów pokuty i często pościła tak drastycznie, że zachorowała; na przykład podczas czterdziestu dni Wielkiego Postu brała tylko chleb i wodę. Biedni Klarysi nie spali na materacach, raczej na przytulnych łóżkach z gałązek i konopi i chodzili boso przez cały czas. Błagali o jedzenie, nigdy nie jedli mięsa i powstrzymywali się od niepotrzebnej mowy., „Założycielka zalecała to święte milczenie jako środek do uniknięcia niezliczonych grzechów języka” – zauważył żywot Świętych kamerdynera – ” i do zachowania umysłu zawsze wspominanego w Bogu i wolnego od rozproszenia świata, który bez tej straży przenika nawet mury krużganków.”
Klara była zdecydowana, że jej zakon powinien żyć jako wspólnota Franciszkańska, bez majątku i ziemi, pozostając jedynie na codziennej dobroczynności., Była to radykalna propozycja dla wspólnot religijnych we wczesnym średniowieczu, ponieważ wiele posiadało Duże posiadłości, które hodowały, aby przetrwać; inne przyjmowały studentów lub wytwarzały rzemiosło, które następnie sprzedawały na utrzymanie; Franciszkańska zasada uważała, że taka praca rozprasza ich od wypełniania ich powołania religijnego, aby służyć Bogu. Zakon Klary nie miał formalnej reguły pisanej, ani konstytucji, w swoich wczesnych latach, z wyjątkiem krótkiej, napisanej przez Franciszka., W 1219 r.ubogie Klaryski znalazły się pod opieką Kardynała Ugolino, gdy Franciszek przyłączył się do jednej ze świętych krucjat, a Ugolino opracował regułę opartą na regułach św. Benedykta. Nie zawierała ona jednak nakazu całkowitego ubóstwa—zamiast tego pozwalającego na posiadanie majątku wspólnego—i Klara sprzeciwiła się temu; Klary były klauzurowym nakazem, a Ugolino uważał, że niepraktyczne jest, aby kobiety żebrały. Mimo to został zatwierdzony przez papieża Honoriusza III w tym samym roku; po kilku latach jej błagań Klara wygrała swoją sprawę., 17 września 1228 roku Ugolino, obecnie papież Grzegorz IX, nadał jej order Privilegium Paupertatis, czyli ” przywilej ubóstwa.”Był to pierwszy taki dekret wydany przez papieża i przeczytany w części:” jest oczywiste, że pragnienie poświęcenia się tylko Bogu doprowadziło was do porzucenia wszelkich pragnień dla rzeczy doczesnych… . Skoro więc o to prosiłeś, Apostolską łaską potwierdzamy Twoje postanowienie najwyższego ubóstwa i autorytetem tych obecnych listów gwarantujemy, że nikt nie może być zmuszony do otrzymywania dóbr., Nikomu więc nie wolno naruszać tej strony naszego ustępstwa ani sprzeciwiać się temu z pochopną powagą.”
w późniejszych latach, kiedy Franciszek był niewidomy i chory, Clare zbudował dla niego małą chatę w San Damiano, gdzie napisał ” Kantyk słońca.”Ona sama wykonywała mniej kar pokutnych, za które była znana we wcześniejszych latach., Pisząc do Agnieszki, córki czeskiego króla i założyciela ubogiej Wspólnoty Klarysek w Pradze, ostrzegła przełożoną, aby była mniej drastyczna we własnych umartwieniach, „aby żyjąc i mając nadzieję w Panu, ofiarować mu rozsądną służbę i ofiarę przyprawioną solą roztropności”, życie kamerdynera świętych cytowało ją jako piszącą do Agnieszki.