Indyjski Agent i oficer armii USA
w 1853 roku Carson przyjął nową rolę, zgadzając się służyć jako federalny Indyjski agent dla Północnego Nowego Meksyku, głównie współpracując z Utes i Jicarilla Apaches. Widział wpływ Zachodniej migracji białych osadników na rdzennych Amerykanów, i wierzył, że ataki na białych ludzi przez rdzennych Amerykanów zostały popełnione w desperacji. Aby zapobiec wyginięciu tych ludzi, Carson opowiadał się za utworzeniem rezerwatów indiańskich.,
wraz z wybuchem wojny secesyjnej w 1861 roku, Unia zwróciła się do Carsona o pomoc w zorganizowaniu pierwszego Ochotniczego Pułku Piechoty New Mexico. Jako podpułkownik brał udział w krwawym starciu z Konfederackimi żołnierzami w bitwie pod Valverde w 1862 roku.
Carson prowadził również kampanie przeciwko indiańskim plemionom w regionie, najbardziej niesławnie usiłując zmusić Navajo do przeniesienia się do rezerwatu Bosque Redondo w Fort Sumner., Carson i jego ludzie niszczyli uprawy i zabijali zwierzęta gospodarskie, ich najazd torował drogę tradycyjnym wrogim plemionom Navajo do własnych ataków. Głodujący i wyczerpani, Navajo ostatecznie skapitulowali w 1864 roku i zostali zmuszeni do marszu około 300 mil do rezerwatu. Podróż, znana jako długi spacer, okazała się brutalna, kosztując życie setek uczestników.
ostatnie lata w Kolorado, śmierć i dziedzictwo
, W tym czasie wynegocjował traktat pokojowy z Utes przed rezygnacją w 1867 z powodu pogarszającego się stanu zdrowia.
Po wyczerpującej podróży na wschodnie wybrzeże w 1868 powrócił do Kolorado w fatalnym stanie. Po tym, jak jego trzecia i ostatnia żona zmarła w kwietniu, Carson poszedł za około miesiąc później, 23 maja 1868, podobno dostarczając ostatnie słowa: „Doktor, compadre, adios!,”
ikona czasów frontierów amerykańskiego Zachodu, Carson jest pamiętany poprzez oznaczenie takich miejsc jak Carson City w Nevadzie i Carson Pass w Kalifornii. Wraz z powieściami, które wzmocniły jego legendę, gdy jeszcze żył, został upamiętniony w filmach i serialach o tematyce Zachodniej, takich jak Przygody Kit Carson, które emitowane były w latach 1951-1955.
życie Carsona zostało ponownie zbadane w 2006 roku w książce Blood and Thunder: An Epic Of The American West, autorstwa Hampton Sides. Na początku 2018 roku wystąpił w serialu dokumentalnym History Channel Frontiersmen.