geen enkele andere missie leed onder San Fernando ‘ s latere achteruitgang. In 1888 werd het missiehuis gebruikt als magazijn en stal, en later werd het terrein en de patio een varkensboerderij. Het was pas in 1896 toen Charles Fletcher Lummis, een prominent lid van de Landmarks Club, begon een campagne om de missie eigendom dat de fortuinen van San Fernando verbeterd. In 1923 keerde de kerk opnieuw terug naar de missie en werd het eigendom overgedragen aan de Oblaten-Paters., Sindsdien zijn de restauratiewerkzaamheden gestaag vooruitgegaan.
het prachtige “lange gebouw” van San Fernando bevat een rijk assortiment relikwieën. De grote wijnpers, de rookkamer en de eetzaal vertonen geen verslechtering. Het hospice bevat nog steeds de meubels en onbeleefde gemakken van zijn vroegere dagen. De onlangs gerestaureerde kerk geeft een indrukwekkend beeld van de religieuze fase van het missieleven. Het is iets kleiner en smaller dan de kerken van de andere missies, maar dit draagt alleen maar bij aan het gevoel van intimiteit en gastvrijheid., De merkwaardige onregelmatige helling van de muren herinnert de bezoeker aan het primitieve karakter van de arbeiders die het bouwden.
Het gebouw bevat nog twee andere kenmerken die speciale aandacht verdienen. Het ene is een groot en enigszins vervallen orgel dat in zijn latere jaren is verworven, en het andere is het altaar, waarvan het gehele onderste gedeelte spiegelgebouwd is. Er wordt gezegd dat deze spiegel, een vrij zeldzame decoratie op het moment van de adoptie, werd geïntroduceerd in de eerste plaats om de padre in staat te stellen een oogje op zijn Indiase congregatie tijdens religieuze diensten te houden., onlangs kocht het museum een enorm altaar, meer dan 360 jaar oud, dat naar dit land werd gebracht en werd opgeslagen in San Fernando. Oorspronkelijk 45 voet hoog en 47 voet breed, het altaar is nu in verschillende secties, die volledig de muren van twee van de grootste kamers in de missie te dekken. De structuur is een massa van ingewikkelde houtsnijwerk, die ontelbare wijnstokken en blad ontwerpen. Sommige van deze ornamenten projecteren vanaf het gezicht van het altaar zo ‘ n afstand dat het ongelooflijk lijkt dat ze hadden kunnen overleven zonder los te breken van het hoofdlichaam van het snijwerk., De gehele massa is bedekt met bladgoud dat nog steeds een rijke en weelderige glans behoudt. Het snijwerk stroomt in een ontwerp rond grote panelen waarin olieverfschilderijen, zo ‘ n vijf bij zeven meter groot, het verhaal van de Heilige Familie vertellen. tegenover San Fernando ligt een mooi en ruim park dat onmetelijk bijdraagt aan het belang van de missie als historisch monument., In het park bevinden zich de oude zeepfabriek, de oorspronkelijke fontein die nu zo ‘ n 10 meter van de eerste locatie verwijderd is en een groot, vreemd gevormd reservoir waaruit de missievaders van water werden voorzien. Dominerend aan de ingang van het park is de figuur van Pater Junípero Serra.nadat Mexico zijn onafhankelijkheid van Spanje had gewonnen, kon het zich niet langer veroorloven om de missies te laten draaien zoals Spanje had gedaan. In 1834 besloot Mexico het missiesysteem te beëindigen en alle landen te verkopen., Ze boden het land aan de Indianen die het land niet wilden of niet met de aankoopprijs konden komen. Het land werd verdeeld in kleinere Rancho ‘ s en verkocht aan Mexicaanse burgers die behulpzaam waren tijdens de onafhankelijkheidsoorlog. In 1845 verklaarde gouverneur Pio Pico de missiegebouwen te koop en in 1846 werd San Fernando Rey de Espana zijn hoofdkwartier. In 1842 was de mayordomo van de missie aan het graven naar uien toen hij goud ontdekte op het terrein van de missie. Dit was 6 jaar voor de beroemde goudkoorts van Noord-Californië., De missie werd gebruikt voor veel dingen tijdens de late 1800 ‘ s; Het was een station voor de Butterfield Stage Lines; het werd gebruikt als opslagruimtes voor de Porter Land And Water Company; en in 1896, de quadrangle werd eigenlijk gebruikt als een varkenshouderij. Na bijna 30 jaar werden de missies teruggebracht naar de Katholieke Kerk. Hoewel sommige van de missies al waren teruggekeerd naar de kerk, in 1863, President Abraham Lincoln ondertekende een wet waarin wordt verklaard dat alle van de 21 missies in de Californische missieketen eigendom van de Katholieke Kerk zou worden en zijn gebleven sinds die tijd.,de Kerk van San Fernando werd weer een werkende kerk in 1923 toen de Oblate priesters arriveerden. Veel pogingen werden gedaan om de oude missie te herstellen vanaf het begin van de jaren 1900, maar het was niet totdat de Hearst Foundation in de jaren 1940 een grote gift van geld gaf, dat de missie uiteindelijk werd hersteld. In 1971 beschadigde een grote aardbeving de kerk die volledig moest worden herbouwd. De reparaties werden voltooid in 1974.