Baez’ carrière door de jaren 1980 en ’90
in latere jaren Baez’ zangcarrière haperde ondanks verschillende pogingen om het nieuw leven in te blazen. Haar 1985 inspanning featured een meer conventionele kapsel en kleding. Haar aanhangers geloofden dat ze haar bekendheid in de entertainmentindustrie zou herwinnen omdat haar stem, hoewel dieper, dezelfde kwaliteiten behield die haar eerder zo succesvol maakte., Ondertussen was ze over de hele wereld druk bezig als hoofd van het Humanitas International Human Rights Committee, dat zich concentreerde op het afleiden (op elke mogelijke geweldloze manier) van degenen die volgens haar onwettige macht uitoefenden.
Baez bleef muziek maken en invloed uitoefenen op jongere artiesten. In 1987 bracht Baez haar eerste soloalbum in acht jaar uit. Ze werd genomineerd voor een 1988 Best Contemporary Folk Recording Grammy Award voor het nummer “Asimbonanga” van het album. Ook in 1988 nam Baez diamanten en roest op in de arena in Bilbao, Spanje., Het album kwam in April uit. In 1990 toerde Baez met de Indigo Girls en het trio werd opgenomen voor een PBS videopresentatie, Joan Baez In Concert. In 1991 bracht ze een compilatiealbum uit, Brothers In Arms, met twee nieuwe tracks. In 1993 werden nog twee Baez-opnames uitgebracht: Play Me Backwards, bestaande uit nieuw materiaal; en Rare, Live & Classic, een retrospectief van haar carrière van 1958 tot 1989, met 22 niet eerder uitgebrachte tracks., Een andere compilatie CD, Live At Newport, met niet eerder uitgebrachte optredens van de Newport Folk Festivals in 1963, 1964 en 1965, werd uitgebracht door Vanguard records in 1996. Begin 1997 bracht Baez nog een solo-album uit, Gone from Danger.ook de interesse van de zanger in politiek en mensenrechten is blijven bestaan. In 1993 werd ze door Refugees International uitgenodigd om naar Bosnië-Herzegovina te reizen om de aandacht te vestigen op het lijden daar., In September van datzelfde jaar was Baez de eerste grote artiest die optrad in een professioneel concert op Alcatraz Island (De voormalige federale gevangenis) in San Francisco, ten behoeve van de organisatie van haar zus Mimi Farina, Bread & Roses. Ze keerde terug naar het eiland voor een tweede benefiet in 1996 samen met de Indigo Girls en Dar Williams. Ze heeft ook de homo-en lesbische oorzaak gesteund, samen met Janis Ian in een optreden op de National Gay and Lesbian Task Force ‘ S Fight The Right fondsenwerving evenement in San Francisco in 1995.