Nessuna altra missione ha subito il successivo degrado di San Fernando. Nel 1888, la proprietà della missione fu utilizzata come magazzino e stalla, e in seguito il terreno e il patio divennero una fattoria di maiali. Non fu fino al 1896 quando Charles Fletcher Lummis, un membro di spicco del Landmarks Club, iniziò una campagna per reclamare la proprietà della missione che le fortune di San Fernando migliorarono. Nel 1923, la Chiesa tornò nuovamente alla missione e la proprietà fu consegnata ai Padri Oblati., Da allora i lavori di restauro hanno fatto progressi costanti.
Il bellissimo “edificio lungo” di San Fernando contiene un ricco assortimento di reliquie. Il grande torchio, la sala fumatori e il refettorio non mostrano alcun deterioramento. L’ospizio contiene ancora i mobili e le comodità rude dei suoi giorni precedenti. La chiesa, recentemente restaurata, presenta un impressionante quadro della fase religiosa della vita missionaria. È un po ‘ più piccola e stretta delle chiese delle altre missioni, ma questo non fa che aumentare la sua sensazione di intimità e ospitalità., La curiosa pendenza irregolare delle mura ricorda al visitatore la natura primitiva degli operai che la costruirono.
L’edificio contiene altre due caratteristiche degne di un commento speciale. Uno è un organo grande e un po ‘ fatiscente acquisito durante i suoi ultimi anni, e l’altro è l’altare, l’intera sezione inferiore del quale è a specchio. Si dice che questo specchio, una decorazione piuttosto rara al momento della sua adozione, sia stato introdotto principalmente per consentire al padre di tenere d’occhio la sua congregazione indiana durante le funzioni religiose.,
Recentemente il museo ha acquisito un enorme altare, di oltre 360 anni, che è stato portato in questo paese e conservato a San Fernando. Originariamente alto 45 piedi e largo 47 piedi, l’altare è ora in diverse sezioni, che coprono completamente le pareti di due delle stanze più grandi della missione. La struttura è una massa di sculture in legno complicate, che rappresentano innumerevoli viti e disegni di foglie. Alcuni di questi ornamenti proiettano dalla faccia dell’altare una tale distanza che sembra incredibile che avrebbero potuto sopravvivere senza staccarsi dal corpo principale dell’intaglio., L’intera massa è stata ricoperta di foglia d’oro che conserva ancora una lucentezza ricca e rigogliosa. La scultura scorre in un disegno intorno a grandi pannelli in cui tele dipinte ad olio, circa cinque per sette piedi di dimensione, raccontano la storia della Sacra Famiglia.
Di fronte a San Fernando c’è un bellissimo e spazioso parco che aggiunge incommensurabilmente l’importanza della missione come punto di riferimento storico., In primo piano nel parco sono le vecchie opere di sapone, la fontana originale ora alcuni 30 piedi di distanza dalla sua prima posizione e un grande, serbatoio di forma strana da cui i padri della missione sono stati forniti con l ” acqua. A dominare l’ingresso del parco è la figura di padre Junípero Serra.
Dopo che il Messico ottenne la sua indipendenza dalla Spagna, scoprì che non poteva più permettersi di mantenere le missioni in esecuzione come aveva fatto la Spagna. Nel 1834, il Messico decise di porre fine al sistema di missione e vendere tutte le terre., Hanno offerto le terre agli indiani che non volevano le terre o non potevano trovare il prezzo di acquisto. Le terre furono divise in piccoli Ranchos e vendute a cittadini messicani che furono utili durante la guerra per l’indipendenza. Nel 1845, il governatore Pio Pico dichiarò gli edifici della missione in vendita e nel 1846, fece di San Fernando Rey de Espana il suo quartier generale. Nel 1842, il mayordomo della missione stava scavando per le cipolle quando scoprì l’oro sui terreni della missione. Questo è stato 6 anni prima della famosa corsa all’oro della California del nord., La missione è stata utilizzata per molte cose durante la fine del 1800; era una stazione per le linee Butterfield Stage; è stato utilizzato come magazzini per la Porter Land and Water Company; e nel 1896, il quadrilatero è stato effettivamente utilizzato come una fattoria di maiali. Dopo quasi 30 anni, le missioni sono state restituite alla Chiesa cattolica. Anche se alcune delle missioni erano già state restituite alla chiesa, nel 1863, il presidente Abraham Lincoln firmò un Atto che dichiarava che tutte le 21 missioni della catena missionaria californiana sarebbero diventate proprietà della Chiesa cattolica e sono rimaste tali da quel momento.,
La chiesa di San Fernando divenne di nuovo una chiesa funzionante nel 1923 quando arrivarono i sacerdoti Oblati. Molti tentativi sono stati fatti per ripristinare la vecchia missione dai primi anni del 1900, ma non è stato fino a quando la Fondazione Hearst ha dato un grande dono di denaro nel 1940, che la missione è stata finalmente ripristinata. Nel 1971, un grande terremoto danneggiò la chiesa che dovette essere completamente ricostruita. Le riparazioni furono completate nel 1974.