La sindrome mostra un quadro clinico variabile, anche all’interno di una famiglia, a seconda delle anomalie associate. Si presenta nel periodo neonatale con cianosi dovuta ad atresia coanale (60-70%, ossea/membranosa, unilaterale/bilaterale) e/o cardiopatia cianotica (75-80%; es. malformazioni cardiache conotruncali, difetti dell’arco aortico; vedi questi termini). Il coloboma, più probabilmente retinico, è presente nel 75-90% e può essere in combinazione con la microftalmia e portare alla perdita della vista., Anomalie dell’orecchio (95-100%) includono basso-set lop o orecchio esterno a forma di coppa con cartilagine carente del padiglione auricolare esterno e una concha triangolare, malformazioni ossicle dell’orecchio medio, che porta a otite media sierosa cronica, e perdita dell’udito neurosensoriale. Le anomalie del nervo cranico sono frequenti e includono anomalie dei nervi olfattivi, facciali, uditivi, vestibolari e quelli coinvolti nella deglutizione. I difetti del sistema nervoso centrale (SNC) comportano atrofia cerebrale, agenesia del corpo calloso, anomalie della fossa posteriore e ipoplasia cerebellare. Si osservano ipoplasia genitale e pubertà ritardata., La mancata crescita è spesso correlata ai gravi problemi di suzione / deglutizione. Si notano anche ritardi motori (dovuti a problemi di equilibrio), ritardo del linguaggio e ritardo nelle capacità motorie fini. Le caratteristiche facciali dismorfiche includono viso quadrato, fronte prominente, ponte nasale prominente e asimmetria dalla paralisi facciale. Difetti delle vie aeree superiori (ad esempio laringomalacia congenita, tracheomalacia congenita; vedere questi termini), fistola tracheoesofagea (TEF) e reflusso gastroesofageo sono comuni. Disfunzione endocrina (deficit dell’ormone della crescita, ipogonadismo ipogonadotropo) e anomalie immunitarie (ad es., si osservano anche gravi deficienze immunitarie combinate, linfopenia a cellule T isolate). Le infezioni toraciche sono frequenti. I pazienti possono manifestare un comportamento autistico associato a disturbo da deficit di attenzione e iperattività (ADHD), disturbo ossessivo-compulsivo (OCD) e ansia.