Il ducato di Alta Baviera fu creato per la prima volta con la Prima partizione bavarese nel 1255 sotto il duca Luigi II, ma non c’era una correlazione esatta tra questo ducato e il territorio attuale. Dopo la riunificazione nel 1340 la Baviera fu divisa di nuovo nel 1349, e nel 1392 i ducati Baviera-Monaco e Baviera-Ingolstadt furono creati in Alta Baviera. Nel 1505 la Baviera fu definitivamente riunita. A fini amministrativi, la Baviera fu divisa in Rentämter (plurale di Rentamt ). L’Alta Baviera era costituita dal Rentamt Munich e dal Rentamt Burghausen.,
Dopo la fondazione del Regno di Baviera lo stato fu totalmente riorganizzato e, nel 1808, diviso in 15 distretti amministrativi (Regierungsbezirke (singolare Regierungsbezirk)), in Baviera chiamato (Kreise (singolare Kreis)). Sono stati creati alla moda dei dipartimenti francesi, abbastanza uniformi per dimensioni e popolazione, e prendono il nome dai loro fiumi principali. Negli anni successivi, a causa di cambiamenti territoriali (es. perdita del Tirolo, aggiunta del Palatinato), il numero dei distretti fu ridotto a 8. Uno di questi era l’Isarkreis (Distretto di Isar)., Nel 1837 il re Ludovico I di Baviera ribattezzò il Kreise con nomi storici e tribù. Ciò ha comportato anche cambiamenti di confine o scambi territoriali. Così, l’Isarkreis è cambiato in Alta Baviera.
Invece di una mera unità amministrativa in stile Rentamt, i distretti appena creati divennero predecessori del moderno autogoverno regionale, costruendo un collegamento politico e amministrativo tra lo stato bavarese nel suo insieme e le autorità locali.