döntés, hogy csatlakozzon a papság
februárban 1941 Wojtyła visszatért a munkából egy nap, hogy felfedezzék, hogy apja egyedül halt meg; imádkozott a test egész éjjel. 1942 őszére úgy döntött, hogy belép a papságba. Két évig, miközben még a vegyipari gyárban dolgozott, részt vett a krakkói bíboros érsek, Adam Sapieha herceg által vezetett illegális szemináriumokon., Miután 1944-ben Wojtyła megszökött egy nácivadász seregből, a háború hátralévő részét az érseki palotában töltötte, papnak álcázva magát. Mint pápa, Wojtyła emlékeztetett arra, hogy a náci borzalmak tanúi, beleértve sok pap meggyilkolását, megmutatták neki a papság valódi jelentését.
1945-ben a szovjetek Lengyel megszállókká váltották a németeket. 1946 novemberében Wojtyłát Sapieha szentelte fel katolikus pappá., Első miséjét Figlewicz közreműködésével a Wawel-székesegyház kriptakápolnájában, a lengyel uralkodók és hősök szarkofágjai között tartotta, beleértve azokat is, akik a nemzeti szabadságot és az európai kereszténységet védték. Ezután két évig Rómában tanult, ahol befejezte első doktorátusát, a kereszt Szent János teológiájának vizsgálatát. 1949-ben Krakkói Szent Flórián plébániához került, filozófiát, társadalmi és szexuális etikát tanult, írt és tartott előadást., A következő évtizedben második doktorátust szerzett, teológiát és etikát tanított a Jagelló-i Egyetemen, majd végül a Lublini Katolikus Egyetem teljes professzorává nevezték ki.
a fiatal pap verseket írt, névtelenül, különféle vallási, társadalmi és személyes témákról. Emellett szellemi vezetője és mentora lett egy fiatal felnőtt baráti körnek, amelyhez kajakozással és kempingezéssel csatlakozott. Együtt ünnepelték a nyílt misét abban az időben, amikor a kommunista rezsim megtiltotta az egyházakon kívüli engedély nélküli imádatot., Az ezekkel a barátokkal szerzett tapasztalatok hozzájárultak az ötletekhez a szépirodalom, a szeretet és a felelősség első könyvében (1960), amely a házastársi szexuális kapcsolatokban elérhető számos kegyelem feltárása. A munkát radikálisnak tartották azok, akik a hagyományos egyházi nézetet tartották, hogy a szex kizárólag szaporodás céljából történt.
az egyházi vezetőket lenyűgözte Wojtyła azon képessége, hogy a kommunista korlátozások ellenére dinamikus pasztorátust működtessen. 1958-ban XII. Piusz pápa Krakkói segédpüspökké nevezte ki., A Második Vatikáni zsinaton (1962-65) Wojtyła annyira megkülönböztette magát, hogy a Tanács felénél, 1963 decemberében VI.Pál Pápa Krakkói érseknek nevezte el.
A Második Vatikáni Zsinat bevezette Wojtyłát a laikusok szerepére, az egyház más vallásokkal való kapcsolataira, valamint a világi világhoz fűződő kapcsolataira. A Tanács 1965-ös megkötése után Wojtyłát kinevezték VI. Pál Pápa Bizottságába a család, a népesség és a születési arány problémáinak tanulmányozására., Úgy tűnik, hogy munkája befolyásolta a Humanae vitae-t (1968; “az emberi élet”), VI.Pál a mesterséges fogamzásgátlást elutasító enciklikáját, amely az egyház egyik leginkább figyelmen kívül hagyott tanítása lett. Egyes püspökök szintén nem értettek egyet ezzel, mondván, hogy ebben a kérdésben Wojtyła alapvető teológiai hibákat követhetett el.