nincs más küldetés szenvedett San Fernando későbbi lebomlása. 1888-ban a misszió tulajdonát raktárként és istállóként használták, majd később a terület és a terasz egy disznófarm lett. Csak 1896-ban, amikor Charles Fletcher Lummis, a Landmarks Club kiemelkedő tagja kampányt indított a misszió vagyonának visszaszerzésére, amelyet San Fernando sorsa javult. 1923-ban az egyház ismét visszatért a misszióba, és az ingatlant átadták az Oblate atyáknak., Azóta a helyreállítási munkák folyamatos haladást értek el.
a San Fernando gyönyörű “hosszú épülete” gazdag ereklyéket tartalmaz. A nagy borprés, a füstszoba és a refektórium nem mutat romlást. A hospice ma is tartalmazza a korábbi napok bútorait és udvariatlan kényelmét. A nemrégiben felújított templom lenyűgöző képet mutat a missziós élet vallási szakaszáról. Valamivel kisebb és keskenyebb, mint a többi misszió egyházai, de ez csak növeli az intimitás és a vendégszeretet érzését., A falak furcsa szabálytalan lejtése emlékezteti a látogatót a munkások primitív természetére, akik építették.
az épület két további, külön megjegyzésre méltó funkciót tartalmaz. Az egyik egy nagy, kissé romlott orgona, amelyet a későbbi években szereztek be, a másik az oltár, amelynek teljes alsó része tükörhátú. Azt mondják, hogy ezt a tükröt, amely meglehetősen ritka díszítés volt az elfogadása idején, elsősorban azért vezették be, hogy a padre figyelemmel kísérhesse Indiai gyülekezetét a vallási szolgálatok során.,
a közelmúltban a múzeum hatalmas, több mint 360 éves oltárt szerzett, amelyet San Fernando-ban hoztak ide. Eredetileg 45 láb magas és 47 láb széles, az oltár ma már több szakaszban van, amelyek teljesen lefedik a misszió két legnagyobb szobájának falát. A szerkezet bonyolult fafaragványok tömege, amelyek számtalan szőlőt és levélmintát képviselnek. Néhány ilyen dísztárgyak projekt az arc az oltár olyan távolságra, hogy úgy tűnik, hihetetlen tudtak volna túlélni anélkül, hogy elszakadna a fő test a faragás., Az egész tömeget arany levél borította, amely még mindig gazdag és buja csillogást tart fenn. A faragás folyik a design körül nagy panelek, amelyekben olaj festett vásznak, mintegy öt – hét láb méretű, kapcsolódnak a történet a Szent Család.
San Fernandóval szemben egy gyönyörű, tágas park, amely mérhetetlenül növeli a misszió fontosságát, mint történelmi mérföldkövet., A parkban láthatók a régi szappanművek, az eredeti szökőkút, amely most körülbelül 30 láb távolságra van az első helyétől, valamint egy nagy, furcsa alakú tározó, ahonnan a misszió atyái vízzel voltak ellátva. A park bejáratát Junípero Serra Atya alakja uralja.
miután Mexikó elnyerte függetlenségét Spanyolországtól, úgy találta, hogy már nem engedheti meg magának, hogy a missziók úgy működjenek, mint Spanyolország. 1834-ben Mexikó úgy döntött, hogy megszünteti a missziós rendszert, és eladja az összes földet., Felajánlották a földeket az indiánoknak, akik nem akarták a földeket, vagy nem tudták kitalálni a vételárat. A földeket kisebb Ranchókra osztották, és eladták Mexikói állampolgároknak, akik segítőkészek voltak a függetlenségi háború idején. 1845-ben Pio Pico kormányzó eladónak nyilvánította a missziós épületeket, 1846-ban pedig San Fernando Rey De Espana lett a központja. 1842-ben a misszió mayordomoja hagymát ásott, amikor aranyat fedezett fel a misszió területén. Ez 6 évvel az észak-kaliforniai híres aranyláz előtt volt., A küldetést az 1800-as évek végén sok mindenre felhasználták; a Butterfield Színpad vonalainak állomása volt; a Porter Land and Water Company raktáraként használták; 1896-ban a quadrangle-t ténylegesen hog farmként használták. Közel 30 év után a missziók visszatértek a katolikus egyházhoz. Bár a küldetések már visszatért a templom 1863-ban, Abraham Lincoln Elnök aláírt egy színjáték, amelyben kijelenti, hogy mind a 21 missziók a Kaliforniai mission lánc lesz az ingatlan a Katolikus Egyház maradt, így azóta.,
San Fernando temploma 1923-ban ismét működő egyház lett, amikor az Oblate papok megérkeztek. Sok kísérlet történt a régi küldetés helyreállítására az 1900-as évek elejétől, de csak addig, amíg a Hearst Alapítvány nagy pénzt adott az 1940-es években, hogy a misszió végül helyreállt. 1971-ben egy nagy földrengés megrongálta a templomot, amelyet teljesen újjá kellett építeni. A javításokat 1974-ben fejezték be.