Indiai Ügynök, illetve az USA Katonai Tiszt
1853-Ban, Carson egy új szerepet, beleegyezett, hogy szolgáljon egy Indiai szövetségi ügynök észak-Új-Mexikóban, elsősorban dolgozik az Uték, a Jicarilla Apache. Látta, hogy a fehér telepesek nyugati migrációja milyen hatással van az őslakos amerikaiakra, és úgy vélte, hogy az őslakos amerikaiak fehér emberek elleni támadásait kétségbeesetten követték el. Annak megakadályozása érdekében, hogy ezek az emberek kihaljanak, Carson támogatta az indiai fenntartások létrehozását.,
a polgárháború kitörésével 1861-ben az Unió megérintette Carsont, hogy segítsen megszervezni az első Új-Mexikói önkéntes Gyalogezredet. Alezredesként szolgált, részt vett a Konföderációs katonákkal való véres összecsapásban a Valverde-i csatában 1862-ben.
Carson is vezetett kampányok ellen indián törzsek a régióban, leginkább hírhedten az erőfeszítés, hogy kényszerítse a Navajo áthelyezni a Bosque Redondo rezervátum Fort Sumner., Carson és emberei elpusztították a növényeket és megölték az állatállományt, a támadásuk utat nyitott a Navajo hagyományos ellenséges törzseinek, hogy kövessék a saját támadásaikat. A Navajo végül 1864-ben megadta magát, és mintegy 300 mérföldet kellett gyalogolnia a rezervátumig. A hosszú séta néven ismert utazás brutálisnak bizonyult, több száz résztvevő életét költségezve.
utolsó év Coloradóban, halál és örökség
1865-ben dandártábornokká léptették elő, Carson A háború után Coloradóba költözött, és Fort Garland parancsnokává nevezték ki., Ebben az időben békeszerződést kötött az Utes-szel, mielőtt 1867-ben lemondott az egészség romlása miatt.
Carson utolsó hónapjait az indiai ügyek főfelügyelőjeként töltötte Colorado területén. Miután egy fárasztó utazás a keleti parton 1868-ban, visszatért Colorado szörnyű állapotban. Miután harmadik és utolsó felesége áprilisban meghalt, Carson körülbelül egy hónappal később, 1868. május 23-án követte az utolsó szavakat: “Doktor, compadre, adios!,”
az amerikai Nyugat frontiersman napjainak ikonja, Carsonra olyan helyszíneken emlékeznek meg, mint Carson City, Nevada és Carson Pass Kaliforniában. Az 1951 és 1955 között sugárzott “Kit Carson kalandjai” című nyugati témájú filmekben és tévéműsorokban is megemlékezett legendájáról.
Carson életét a 2006-os Blood and Thunder: an Epic of the American West című könyvben Hampton Sides újragondolta. 2018 elején szerepelt a History Channel Frontiersmen című dokumentumfilmsorozatában.