A hírnév Európa-szerte elterjedt
tiltakozása ellenére Francis 1215-ben Clare abbesst rendelte el, és úgy tartják, hogy soha nem hagyta el a San Damiano apátságot az akkori és a halála közötti 40 évben. Egy másik nővér, Beatrix is követte őt, akárcsak özvegy édesanyja és Bianca néni. Ferenc Szerzetesrendjeihez hasonlóan az ő ötlete is gyorsan elterjedt egész Olaszországban és azon túl, és számos más szegény Clares-közösség is létrejött., Apátnőként ismert volt a vezekléséről, és gyakran olyan drasztikusan böjtölt, hogy megbetegedett; a nagyböjt negyven napja alatt például csak kenyeret és vizet vett. Szegény Clares nem matracokon aludt, hanem gallyakból és kenderből készült, otthonos ágyakon, és mindig mezítláb járt. Könyörögtek az ételért, soha nem ettek húst, és tartózkodtak minden felesleges beszédtől., “Az öntöde Ezt a Szent csendet ajánlotta a nyelv számtalan bűnének elkerülésére-jegyezte meg Butler a szentek életéről -, és hogy megőrizze az elmét, amelyet mindig Istenben emlékeztek meg, és mentes a világ eloszlatásától, amely ezen őrség nélkül behatol még a kolostorok falába is.”
Clare megállapították, hogy rendje Ferenc szerzetesközösségeként éljen, vagyon vagy föld nélkül,csak a napi jótékonyság mellett., Ez egy radikális javaslat a vallási közösségek a korai Középkorban, a sok megszállott nagy birtokok, hogy a tenyésztett, hogy túlélje; mások vette a diákok vagy kézműves, hogy ők majd eladta a megélhetési; a Ferences tenet hitte, hogy ilyen munka elvonta őket attól, hogy betöltsék a vallási hivatása, hogy Istent szolgálja. Clare rendjének nem volt hivatalos írásbeli szabálya, vagy alkotmány, korai éveiben, kivéve egy Francis által írt rövidet., 1219-ben a szegény Clares Ugolino bíboros védelme alá került, amikor Francis csatlakozott az egyik szent keresztes hadjárathoz, Ugolino pedig Szent Benedek szabályára támaszkodott. Ez azonban nem tartalmazta a szegénységre vonatkozó rendelkezést—ahelyett, hogy lehetővé tette volna a közös vagyon birtoklását—, és Clare ezt kifogásolta; a Clares kolostori rend volt, Ugolino pedig úgy vélte, hogy nem praktikus, hogy a nőknek koldulniuk kell. Ennek ellenére Honorius pápa még abban az évben jóváhagyta; több éves könyörgése után Clare megnyerte az ügyét., 1228.szeptember 17-én Ugolino, most IX. Gergely pápa megadta rendjének a Privilegium Paupertatist, vagyis a “szegénység kiváltságát.”Ez volt az első ilyen jellegű rendelet, amelyet egy pápa adott ki, és részben ezt olvasta:” nyilvánvaló, hogy az a vágy, hogy egyedül Istennek szentelhessétek magatokat, arra késztetett benneteket, hogy feladjátok az időbeli dolgok minden kívánságát… . Mivel tehát ön kérte ezt, Apostoli szívességből megerősítjük, hogy a legszegényebb szegénységről szóló állásfoglalása, valamint E jelenlegi levelek felhatalmazása azt jelenti, hogy senki sem korlátozhatja Önt arra, hogy javakat kapjon., Ezért senkinek sem szabad megengedni, hogy megsértse engedményünk ezen oldalát, vagy hogy szembeszálljon vele.”
a későbbi években, amikor Francis vak és beteg volt, Clare azt mondta, hogy épített neki egy kis kunyhót San Damiano-ban, ahol írta a “The Sun Canticle-jét.”Ő maga kevésbé hajtotta végre a bűnbánó büntetéseket, amelyek miatt a korábbi években ismert volt., Agnesnek, a cseh király lányának és a Prágai szegény Clares közösség alapítójának írásban figyelmeztette az apátnőt, hogy kevésbé drasztikus legyen a saját temetkezéseiben, “hogy az Úrban élve és remélve, hogy ésszerű szolgálatot és áldozatot kínálhat neki, amelyet az óvatosság sója fűszerez” – Idézte Butler a szentek élete, mint Ágnes írását.