ninguna otra misión sufrió la degradación posterior de San Fernando. En 1888, la propiedad de la misión fue utilizada como almacén y establo, y más tarde los terrenos y el patio se convirtieron en una granja de cerdos. No fue hasta 1896 cuando Charles Fletcher Lummis, un miembro prominente del Landmarks Club, comenzó una campaña para reclamar la propiedad de la misión que las fortunas de San Fernando mejoraron. En 1923, la Iglesia volvió de nuevo a la misión y la propiedad fue entregada a los padres Oblatos., Desde entonces, los trabajos de restauración han progresado constantemente.
el hermoso «edificio largo» de San Fernando contiene una rica variedad de reliquias. La gran prensa de vino, la sala de humo y el refectorio no muestran deterioro. El hospicio todavía contiene los muebles y comodidades groseras de sus primeros días. La Iglesia, recientemente restaurada, presenta una imagen impresionante de la fase religiosa de la vida misionera. Es un poco más pequeña y estrecha que las iglesias de las otras misiones, pero esto solo se suma a su sentimiento de intimidad y hospitalidad., La curiosa pendiente irregular de las paredes recuerda al visitante la naturaleza primitiva de los obreros que la construyeron.
el edificio contiene otras dos características dignas de comentario especial. Uno es un órgano grande y algo deteriorado adquirido durante sus últimos años, y el otro es el altar, toda la sección inferior del cual está respaldado por un espejo. Se dice que este espejo, una decoración bastante rara en el momento de su adopción, se introdujo principalmente para permitir al padre mantener un ojo en su congregación India durante los servicios religiosos.,
recientemente el museo adquirió un enorme altar, de más de 360 años de antigüedad, que fue traído a este país y almacenado en San Fernando. Originalmente 45 pies de alto y 47 pies de ancho, el altar está ahora en varias secciones, que cubren completamente las paredes de dos de las habitaciones más grandes de la misión. La estructura es una masa de complicadas Tallas de madera, que representan innumerables enredaderas y diseños de hojas. Algunos de estos ornamentos se proyectan desde la cara del altar a tal distancia que parece increíble que pudieran haber sobrevivido sin separarse del cuerpo principal de la talla., Toda la masa ha sido cubierta con pan de oro que aún conserva un brillo rico y exuberante. La talla fluye en un diseño alrededor de grandes paneles en los que lienzos pintados al óleo, de unos cinco por siete pies de tamaño, relatan la historia de la Sagrada Familia.
al otro lado de San Fernando hay un hermoso y espacioso parque que se suma inmensurablemente a la importancia de la misión como un hito histórico., En el parque se encuentran las antiguas fábricas de jabón, la fuente original ahora a unos 30 pies de distancia de su primera ubicación y un gran depósito de forma extraña desde el cual los padres de la misión recibieron agua. Dominando la entrada al parque está la figura del Padre Junípero Serra.
Después de que México ganó su independencia de España, se encontró con que ya no podía permitirse el lujo de mantener las misiones en funcionamiento como lo había hecho España. En 1834, México decidió poner fin al sistema de misiones y vender todas las tierras., Ofrecieron las tierras a los indios que no querían las tierras o no podían llegar con el precio de compra. Las tierras se dividieron en Ranchos más pequeños y se vendieron a ciudadanos mexicanos que fueron útiles durante la guerra de independencia. En 1845, el gobernador Pío Pico declaró los edificios de la misión en venta y en 1846, hizo de San Fernando Rey de España su sede. En 1842, el mayordomo de la misión estaba cavando cebollas cuando descubrió oro en los terrenos de la misión. Esto fue 6 años antes de la famosa fiebre del oro del norte de California., La misión fue utilizada para muchas cosas a finales de la década de 1800; fue una estación para las Butterfield Stage Lines; fue utilizada como almacenes para la Porter Land And Water Company; y en 1896, el cuadrilátero fue realmente utilizado como una granja de cerdos. Después de casi 30 años, las misiones fueron devueltas a la Iglesia Católica. Aunque algunas de las misiones ya habían sido devueltas a la iglesia, en 1863, el presidente Abraham Lincoln firmó un acta declarando que todas las 21 misiones en la cadena Misionera de California se convertirían en propiedad de la Iglesia Católica y han permanecido así desde entonces.,
la Iglesia de San Fernando se convirtió de nuevo en una iglesia en funcionamiento en 1923, cuando llegaron los sacerdotes Oblatos. Se hicieron muchos intentos para restaurar la antigua misión desde principios de 1900, pero no fue hasta que la Fundación Hearst dio un gran regalo de dinero en la década de 1940, que la misión fue finalmente restaurada. En 1971, un gran terremoto dañó la iglesia que tuvo que reconstruirse por completo. Las reparaciones se completaron en 1974.