Antigua no fue la primera elección de los españoles como capital. Ese honor es para Iximché, establecido en 1524 para vigilar a los Kaqchiquel, con quienes tenían una tregua incómoda. Las cosas se complicaron cuando los Kaqchiquel se rebelaron, por lo que la ciudad se trasladó en 1527 a la actual Ciudad Vieja en los flancos del Volcán Agua. Eso tampoco funcionó, la ciudad prácticamente desapareció bajo un deslizamiento de tierra en 1541. Y así fue que el 10 de marzo de 1543, se fundó La muy Noble y muy Leal Ciudad de Santiago de los Caballeros de Goathemala, la capital colonial española de Guatemala., El largo título da fe de la reverencia de los fundadores por Santiago, a quien se atribuyeron sus primeras victorias militares.
Antigua fue el epicentro del poder de España en toda América Central, y durante los siglos XVII y XVIII se ahorraron pocos gastos en la arquitectura de la ciudad, a pesar de los regulares ominosos estruendos desde el suelo. La mano de obra indígena se movilizó para erigir escuelas, hospitales, iglesias y monasterios, su grandeza solo rivalizaba con las casas del alto clero y los conectados políticamente.,
en su apogeo Antigua tenía no menos de 38 iglesias, así como una universidad, imprentas, un periódico y una animada escena cultural y Política. Sin embargo, esos rumores nunca se detuvieron, y durante un año la ciudad fue sacudida por terremotos y temblores hasta el devastador terremoto del 29 de julio de 1773. Unos años más tarde, la capital fue trasladada de nuevo, esta vez a la ciudad de Guatemala. Antigua fue evacuada y saqueada para obtener materiales de construcción, y se dieron órdenes para que sus habitantes se reubicaran y para que la ciudad fuera desmantelada sistemáticamente., A pesar de esto, sin embargo, nunca fue completamente abandonado. Impulsado por un auge del café a principios del siglo siguiente, la ciudad, por entonces conocida como la Antigua Guatemala, comenzó a crecer de nuevo. La renovación continua de los edificios maltratados ayudó a mantener el carácter colonial de la ciudad a pesar de una falta de interés oficial, pero el cabildeo de los ciudadanos de Antigua llevó al Presidente Ubico a declarar la ciudad como monumento nacional en 1944, y la restauración se produjo en serio., Justo cuando se estaban haciendo serios esfuerzos para devolver la ciudad a su antiguo esplendor, sin embargo, el desastre golpeó nuevamente con otro gran terremoto en febrero de 1976, dejando miles de muertos y deshaciendo gran parte del trabajo de restauración.
La designación por la Unesco de Antigua como Patrimonio de la Humanidad en 1979 dio un nuevo impulso a la campaña de restauración. Dentro de este nuevo clima, las escuelas de español comenzaron a aparecer, atrayendo a multitudes de estudiantes extranjeros y llevando a un genuino renacimiento cultural., En los últimos años, Antigua se ha convertido en un destino de bodas enormemente popular para las parejas latinoamericanas, lo que se suma a su número de visitantes.
la actual alcaldesa de Antigua, Susana Asencio, elegida en 2015, ha trabajado arduamente para controlar el tráfico y comenzar a abordar los desagües notoriamente malos de la ciudad, una medida importante aunque poco glamorosa para mejorar la calidad de vida de los residentes de Antigua a medida que la ciudad resurgente continúa surfeando su auge turístico.