La reputación se extendió por toda Europa
contra sus objeciones, Francisco nombró a Clara abadesa de su orden en 1215, y se cree que nunca abandonó la Abadía de San Damián durante los 40 años transcurridos entre entonces y su muerte. Otra hermana, Beatriz, también la siguió allí, al igual que su madre viuda y su tía Bianca. Al igual que la orden de los Frailes Menores de Francisco, su idea se extendió rápidamente por toda Italia y más allá, y se fundaron varias otras comunidades de Clarisas., Como abadesa, era conocida por los rigores de su penitencia y a menudo ayunaba tan drásticamente que enfermaba; durante los cuarenta días de Cuaresma, por ejemplo, solo tomaba pan y agua. Las Clarisas no dormían en colchones, sino en camas hogareñas hechas de ramita y cáñamo y iban descalzas en todo momento. Rogaban por comida, nunca comían carne, y se abstuvieron de todo discurso innecesario., «La fundadora recomendó este santo silencio como el medio para evitar innumerables pecados de la lengua», señaló la vida de los Santos de Butler, » y para preservar la mente siempre recogida en Dios y libre de la disipación del mundo que, sin esta guardia, penetra incluso las paredes de los claustros.»
Clara estaba decidida a que su orden viviera como la comunidad de frailes de Francisco, sin bienes ni tierras, subsistiendo solo de la caridad diaria., Esta fue una propuesta radical para las comunidades religiosas en la Alta Edad Media, ya que muchas poseían grandes propiedades que cultivaban para sobrevivir; otras aceptaban estudiantes o hacían artesanías que luego vendían para subsistir; el principio Franciscano creía que ese trabajo las distraía de cumplir su vocación religiosa, servir a Dios. La orden de clara no tenía una regla formal escrita, o constitución, en sus primeros años, excepto por una breve escrita por Francisco., En 1219, las Clarisas quedaron bajo la protección del cardenal Ugolino Cuando Francisco se unió a una de las Santas cruzadas, y Ugolino redactó una regla basada en la de San Benito. Sin embargo, no contenía la orden de pobreza absoluta—en lugar de permitir la posesión de la propiedad común—y clara se opuso a esto; las Clarisas eran una orden de clausura, y Ugolino creía que no era práctico que las mujeres fueran a mendigar. Sin embargo, fue aprobado por el Papa Honorio III ese año; después de varios años de sus súplicas, Clara ganó su caso., El 17 de septiembre de 1228, Ugolino, ahora papa Gregorio IX, le concedió el Privilegium Paupertatis, o «privilegio de la pobreza.»Fue el primer decreto de este tipo emitido por un Papa y leído en parte:» es evidente que el deseo de consagrarse solo a Dios os ha llevado a abandonar todo deseo de cosas temporales.. Por lo tanto, puesto que usted lo ha pedido, confirmamos por favor Apostólico su resolución de la más alta pobreza y por la Autoridad de estas cartas presentes que usted no puede ser obligado por nadie a recibir posesiones., A nadie, por lo tanto, se le permita infringir esta página de nuestra concesión u oponerse a ella con temeraria imprudencia.»
en sus últimos años, cuando Francisco estaba ciego y enfermo, se dice que Clara construyó una pequeña cabaña para él en San Damiano, donde escribió su » cántico del Sol.»Ella misma llevó a cabo menos de los castigos penitenciales por los que era conocida en años anteriores., Al escribir a Inés, hija del Rey bohemio y fundadora de una comunidad de Clarisas pobres en Praga, advirtió a la abadesa que fuera menos drástica en sus propias mortificaciones, «para que viviendo y esperando en el Señor puedas ofrecerle un servicio razonable y un sacrificio sazonado con la sal de la prudencia», la vida de los Santos de Butler la citó escribiendo a Inés.