Ingen anden mission, lidt San Fernando ‘ s efterfølgende nedbrydning. I 1888 blev missionsejendommen brugt som lager og stald, og senere blev grunden og terrassen en svinefarm. Det var først i 1896, da Charles Fletcher Lummis, et fremtrædende medlem af Landmarks Club, begyndte en kampagne for at genvinde missionsejendommen, som formuerne i San Fernando forbedrede. I 1923 vendte kirken igen tilbage til missionen, og ejendommen blev overdraget til de Oblate Fædre., Siden da har restaureringsarbejdet gjort stadige fremskridt.
den smukke “lange bygning” i San Fernando indeholder et rigt udvalg af relikvier. Den store vinpresse, røgrummet og reflekset viser ingen forringelse. Hospicet indeholder stadig møbler og uhøflige bekvemmeligheder fra dets tidligere dage. Kirken, der for nylig er restaureret, præsenterer et imponerende billede af den religiøse fase i missionslivet. Det er noget mindre og smallere end kirkerne i de andre missioner, men dette øger kun dens følelse af intimitet og gæstfrihed., Den nysgerrige uregelmæssige skråning af væggene minder besøgende om den primitive karakter af de arbejdere, der byggede den.
bygningen indeholder to andre funktioner, der er værdige til særlig kommentar. Den ene er et stort og noget forfalsket organ, der er erhvervet i sine senere år, og det andet er alteret, hvis hele nederste del er spejlrygget. Det siges, at dette spejl, en temmelig sjælden dekoration på tidspunktet for dens vedtagelse, blev introduceret primært for at gøre det muligt for padren at holde øje med sin indiske menighed under religiøse tjenester., for nylig købte museet et stort Alter, over 360 år gammelt, som blev bragt til dette land og opbevaret i San Fernando. Oprindeligt 45 fod høj og 47 fod bred, alteret er nu i flere sektioner, som helt dækker væggene i to af de største rum i missionen. Strukturen er en masse komplicerede træskærer, der repræsenterer utallige vinstokke og bladdesign. Nogle af disse ornamenter projicerer fra Alterets overflade en sådan afstand, at det virker utroligt, at de kunne have overlevet uden at bryde væk fra hoveddelen af udskæringen., Hele massen er blevet dækket med bladguld, som stadig bevarer en rig og frodig glans. Udskæringen flyder i et design omkring store paneler, hvor oliemalede lærreder, omkring fem til syv fod i størrelse, fortæller historien om Den Hellige Familie.
overfor San Fernando er en smuk og rummelig park, der tilføjer umådeligt til missionens betydning som et historisk vartegn., Udvalgte i parken er de gamle sæbe værker, den oprindelige springvand nu nogle 30 fødder fjernt fra sin første placering og en stor, mærkeligt formet reservoir, hvorfra missionsfædrene blev forsynet med vand. Dominerende indgangen til parken er figuren af Fader Junperpero Serra.
efter at me .ico vandt sin uafhængighed fra Spanien, fandt det, at det ikke længere havde råd til at holde missionerne kørende, som Spanien havde gjort. I 1834 besluttede me .ico at afslutte missionssystemet og sælge alle landene., De tilbød landene til indianerne, der ikke ønskede landene eller ikke kunne komme med købsprisen. Landene blev opdelt i mindre Ranchos og solgt til Me .icanske borgere, der var hjælpsomme under krigen for uafhængighed. I 1845 erklærede guvernør Pio Pico missionsbygninger til salg, og i 1846 gjorde San Fernando Rey de Espana til sit hovedkvarter. I 1842 gravede missionens mayordomo efter løg, da han opdagede guld på missionsområdet. Dette var 6 år før den berømte guldfeber i det nordlige Californien., Missionen blev brugt til mange ting i slutningen af 1800 – tallet; det var en station for Butterfield-Scenelinjerne; den blev brugt som opbevaringsrum til Porter Land and Waterater Company; og i 1896 blev firkanten faktisk brugt som svinegård. Efter næsten 30 år blev missionerne returneret til den katolske kirke. Selvom nogle af missionerne allerede var vendt tilbage til kirken, underskrev præsident Abraham Lincoln i 1863 en handling, der erklærede, at alle de 21 missioner i Californiens missionskæde ville blive den katolske kirkes ejendom og har været det siden da.,San Fernandos kirke blev en arbejdskirke igen i 1923, da de Oblate præster ankom. Der blev gjort mange forsøg på at genoprette den gamle mission fra begyndelsen af 1900-tallet, men det var først, før Hearst Foundation gav en stor pengegave i 1940 ‘ erne, at missionen endelig blev genoprettet. I 1971 beskadigede et stort Jordskælv kirken, som måtte genopbygges fuldstændigt. Reparationerne blev afsluttet i 1974.