Indiske Agent og AMERIKANSKE Militær Officer
I 1853, Carson tog en ny rolle, accepterer at tjene som en føderal Indiske agent for det nordlige New Mexico, primært arbejder med at Hente og Jicarilla Apacherne. Han så virkningen af den vestlige migration af de hvide bosættere på indianere, og han troede, at angreb på hvide mennesker af indianere blev begået i desperation. For at forhindre disse mennesker i at blive udryddet, foreslog Carson oprettelsen af indiske forbehold.,
Med udbruddet af borgerkrigen i 1861 bankede Unionen Carson for at hjælpe med at organisere det første Ne.me .ico Volunteer Infantry Regiment. Han tjente som oberstløytnant og var involveret i det blodige sammenstød med konfødererede soldater i Slaget ved Valverde i 1862.
Carson også ført kampagner mod indianske stammer i regionen, de fleste nedrigt forsøg på at tvinge Navajo at flytte til Bosque Redondo reservation på Fort Sumner., Carson og hans mænd ødelagde afgrøder og dræbte husdyr, deres angreb banede vejen for traditionelle fjendtlige stammer fra Navajo at følge med deres egne angreb. Sultende og udmattet, Navajo endelig overgivet i 1864, og blev tvunget til at marchere omkring 300 miles til reservationen. Rejsen, kendt som den lange gåtur, viste sig at være brutal, koster livet for hundredvis af deltagere.
Sidste År i Colorado, Død og Eftermæle
Forfremmet til brigadegeneral i 1865, Carson flyttet til Colorado efter krigen og blev udnævnt til kommandør af Fort Krans., Han forhandlede en fredsaftale med Utes i løbet af denne tid, før han trak sig tilbage i 1867 på grund af faldende helbred.Carson tilbragte sine sidste måneder som superintendent for indiske anliggender for Colorado Territory. Efter en anstrengende tur til østkysten i 1868 vendte han tilbage til Colorado i frygtelig tilstand. Efter at hans tredje og sidste kone døde i April, fulgte Carson ca. en måned senere, den 23. maj 1868, og efter sigende leverede de sidste ord: “læge, compadre, adios!,”
et ikon for det amerikanske Vests frontiersman-dage, Carson huskes gennem betegnelsen af sådanne lokaliteter som Carson City, Nevada og Carson Pass i Californien. Sammen med de skilling romaner, der forstærkede hans legende, mens han stadig var i live, var han huskes i Western-tema-film og TV-shows som The Adventures of Kit Carson, som blev sendt fra 1951 til 1955.Carsons liv blev undersøgt i 2006-bogen Blood and Thunder: An Epic of the American Westest af Hampton Sides. I begyndelsen af 2018 blev han vist i History channels dokumentarserie Frontiersmen.