Bae.’ karriere gennem 1980 ‘erne og 90’ erne
i senere år Bae. ‘ sangkarriere vaklede trods forskellige forsøg på at genoplive den. Hendes indsats i 1985 indeholdt en mere konventionel frisure og påklædning. Hendes tilhængere troede, at hun ville genvinde sin fremtrædende plads i underholdningsindustrien, fordi hendes stemme, skønt dybere, bevarede de samme kvaliteter, som tidligere gjorde hende så succesrig., I mellemtiden var hun ret travlt over hele verden som leder af Humanitas International Human Rights Committee, der koncentrerede sig om at distrahere (på enhver mulig ikke-voldelig måde) dem, som den troede udøvede illegitim magt.bae.har fortsat med at lave musik og påvirke yngre kunstnere. I 1987 udgav Bae.for nylig sit første studio soloalbum på otte år. Hun blev nomineret til en 1988 bedste moderne Folk Recording Grammy a .ard for sangen “Asimbonanga” fra albummet. Også i 1988 indspillede Bae.diamanter og Rust i tyrefægterarenaen i Bilbao, Spanien., Albummet blev udgivet den følgende April. I 1990 turnerede Bae.med Indigo Girls, og trekløvet blev optaget til en PBS-videopræsentation, Joan Bae. i koncert. I 1991 udgav hun et samlingsalbum, Brothers In Arms, med to nye numre. I 1993, to mere Baez indspilninger: Spil Mig Baglæns, bestående af nyt materiale; og Rare, Live & Classic, en retrospektiv udstilling af hendes karriere fra 1958 til 1989, med 22 tidligere udgivne numre., En anden kompilation CD, Live På Newport, der indeholder tidligere udgivne forestillinger fra 1963, 1964 og 1965 Newport Folk Festivaler, der blev udgivet af Vanguard records i 1996. Bae.udgav et andet soloalbum, Gone from Danger, i begyndelsen af 1997.
sangerens interesse for politik og menneskerettigheder er også fortsat. I 1993 blev hun inviteret af Refugees International til at rejse til Bosnien-Hercegovina for at hjælpe med at gøre opmærksom på lidelsen der., I September samme år, Baez blev den første store kunstner til at udføre i en professionel koncert på Alcatraz Island, det tidligere Federal Penitentiary) i San Francisco for at gavne hendes søster Mimi Farina ‘ s organisation, Brød & Roser. Hun vendte tilbage til øen, for en anden fordel i 1996 sammen med Indigo Girls og Dar Williams. Hun har også støttet den homoseksuelle og lesbiske sag, hvor hun sluttede sig til Janis Ian i en forestilling på National Gay and Lesbian Task Force ‘ s Fight the Right fundraising event i San Francisco i 1995.