žádná jiná mise neutrpěla následnou degradaci San Fernanda. V roce 1888 byl majetek mise využíván jako sklad a stáj a později se areál a terasa staly prasečí farmou. Až v roce 1896, kdy Charles Fletcher Lummis, prominentní člen Klubu památek, zahájil kampaň za získání majetku mise, se bohatství San Fernanda zlepšilo. V roce 1923 se církev opět vrátila do mise a majetek byl předán otcům., Od té doby restaurátorské práce dosáhly stálého pokroku.
krásná „dlouhá budova“ San Fernando obsahuje bohatý sortiment relikvií. Velký lis na víno, kouřovna a refektář nevykazují žádné zhoršení. Hospic stále obsahuje nábytek a hrubé vymoženosti svých dřívějších dnů. Kostel, nedávno obnovený, představuje působivý obraz náboženské fáze misijního života. Je o něco menší a užší než církve ostatních misí, ale to jen přispívá k jeho pocitu intimity a pohostinnosti., Zvědavý nepravidelný svah stěn připomíná návštěvníkovi primitivní povahu dělníků, kteří ho postavili.
budova obsahuje další dvě funkce hodné zvláštního Komentáře. Jedním z nich je velký a poněkud zchátralý orgán získaný během jeho pozdějších let a druhým je oltář, jehož celá spodní část je zrcadlově podložena. Říká se, že toto zrcadlo, poměrně vzácná dekorace v době jeho přijetí, bylo představeno především proto, aby padre mohl během náboženských služeb sledovat svůj indický sbor.,
nedávno muzeum získalo obrovský oltář starší 360 let, který byl přivezen do této země a uložen v San Fernando. Původně 45 stop vysoký a 47 stop široký, oltář je nyní v několika sekcích, které zcela pokrývají stěny dvou největších místností v misi. Struktura je množství komplikovaných řezbářských dřevin, které představují nespočet vinic a listových vzorů. Některé z těchto ozdob se promítají z tváře oltáře tak daleko, že se zdá neuvěřitelné, že by mohly přežít, aniž by se odtrhly od hlavního těla řezbářství., Celá hmota byla pokryta zlatým listem, který si stále zachovává bohatý a bujný lesk. Řezbářství proudí v designu kolem velkých panelů, ve kterých olejové malované plátna o velikosti asi pět až sedm stop spojují příběh svaté Rodiny.
naproti San Fernando je krásný a prostorný park, který nesmírně přispívá k významu mise jako historické památky., V parku jsou staré mýdlové práce, původní Fontána nyní asi 30 stop vzdálené od svého prvního umístění a velká, podivně tvarovaná nádrž, ze které byli misionáři zásobováni vodou. Dominantou vstupu do parku je postava otce Junípera Serry.
poté, co Mexiko získalo nezávislost na Španělsku, zjistilo, že si již nemůže dovolit udržet mise v chodu jako Španělsko. V roce 1834 se Mexiko rozhodlo ukončit misijní systém a prodat všechny země., Nabídli pozemky Indům, kteří nechtěli pozemky nebo nemohli přijít s kupní cenou. Země byly rozděleny na menší ranče a prodány Mexickým občanům, kteří byli užiteční během války za nezávislost. V roce 1845 guvernér Pio Pico vyhlásil budovy mise na prodej a v roce 1846 učinil ze San Fernando Rey de Espana své sídlo. V roce 1842 mayordomo mise kopal cibuli, když objevil zlato na pozemcích mise. To bylo 6 let před slavnou zlatou horečkou severní Kalifornie., Mise byla použita pro mnoho věcí během pozdní 1800; to byla stanice pro Butterfield Stage Lines; to bylo používáno jako skladovací prostory pro Porter Půdy a Vody Společnosti; a v roce 1896, čtyřúhelník, byl ve skutečnosti použit jako prasečí farmy. Po téměř 30 letech byly mise vráceny katolické církvi. Ačkoli některé mise již byly vráceny církvi, v roce 1863 prezident Abraham Lincoln podepsal akt, který prohlašuje, že všech 21 misí v kalifornském misijním řetězci se stane majetkem katolické církve a od té doby tak zůstalo.,
Kostel San Fernando se stal opět pracovním kostelem v roce 1923, kdy přišli Zploštělí kněží. Mnoho pokusů bylo provedeno obnovit starou misi Od počátku 1900, ale to nebylo až do nadace Hearst dal velký dar peněz v 1940, že mise byla konečně obnovena. V roce 1971 velké zemětřesení poškodilo kostel, který musel být kompletně přestavěn. Opravy byly dokončeny v roce 1974.