Indiánský Agent a AMERICKÝ Vojenský Důstojník
V roce 1853, Carson přijal novou roli, souhlas sloužit jako Indické federální agent pro severní Nové Mexiko, především práce s Kým a Jicarilla Apache. Viděl dopad západní migrace bílých osadníků na domorodé Američany a věřil, že útoky na bílé lidi domorodými Američany byly spáchány v zoufalství. Aby se zabránilo vyhynutí těchto lidí, Carson obhajoval vytvoření indických rezervací.,
s vypuknutím občanské války v roce 1861 unie využila Carsona, aby pomohla organizovat první dobrovolnický pěší pluk v Novém Mexiku. Sloužil jako podplukovník a podílel se na krvavém střetu s vojáky konfederace V bitvě u Valverde v roce 1862.
Carson také vedl kampaně proti domorodým americkým kmenům v regionu, nejvíce neslavně snaha donutit Navajo, aby se přestěhoval do Rezervace Bosque Redondo ve Fort Sumner., Carson a jeho muži zničili plodiny a zabili hospodářská zvířata, jejich nápor připravil cestu pro tradiční nepřátelské kmeny Navajo, aby následovaly svými vlastními útoky. Hladoví a vyčerpaní se Navajo nakonec vzdali v roce 1864 a byli nuceni pochodovat asi 300 mil do rezervace. Cesta, známá jako dlouhá procházka, se ukázala jako brutální a stála životy stovek účastníků.
poslední roky v Coloradu, smrt a dědictví
povýšen na brigádního generála v roce 1865, Carson se přestěhoval do Colorada po válce a byl jmenován velitelem Fort Garland., Během této doby vyjednal mírovou smlouvu s Utes, než rezignoval v roce 1867 kvůli klesajícímu zdraví.
Carson strávil poslední měsíce jako dozorce indických záležitostí na území Colorada. Po vyčerpávajícím výletu na východní pobřeží v roce 1868 se vrátil do Colorada v hrozném stavu. Po jeho třetí a poslední žena zemřela v dubnu, Carson následovat přibližně o měsíc později, dne 23. Května 1868, údajně přináší poslední slova, „pane Doktore, kamaráde, sbohem!,“
ikona hranicemužské dny amerického Západu, Carson je připomínán označením takových lokalit jako Carson City, Nevada a Carson Pass v Kalifornii. Spolu s desetník romány, které posílily jeho legendu, zatímco on byl ještě naživu, on byl zapamatován v západních tématikou filmů a televizních pořadů, jako je dobrodružství Kit Carson, který vysílal od 1951 do 1955.
Carsonův život byl znovu prozkoumán v knize Blood and Thunder z roku 2006: epos amerického západu od Hampton Sides. Začátkem roku 2018 byl uveden v dokumentárním seriálu Frontiersmen History Channel.